Nhắc đến tách chiết DNA/RNA, hầu hết mọi người đều biết đến công nghệ silica. Tuy nhiên Norgen Biotek (Canada) đã có những bước tiến lớn khi thay thế công nghệ silica truyền thống bằng công nghệ silicon carbide (SiC) trong tách chiết RNA. GeneSmart sẽ giới thiệu 5 lý do khiến việc tách chiết RNA bằng công nghệ silicon carbide trở nên vượt trội:

Silicon Carbide (SiC) phù hợp nhiều loại RNA khác nhau

Công nghệ silica có xu hướng ưu tiên bắt giữ những RNA có hàm lượng GC cao và những RNA có kích thước lớn. Trong khi đó với công nghệ SiC, ái lực với RNA là đồng nhất cho tất cả các loại RNA (Hình 2), kể cả small RNA (≤ 200 nucleotide). Điều này rất có ý nghĩa trong nghiên cứu RNA bởi vì nó cung cấp một bức tranh tổng thể chính xác hơn về thành phần RNA trong mẫu. Bên cạnh đó, sử dụng công nghệ SiC sẽ làm giảm tình trạng âm tính giả (false negative) thường xảy ra khi sử dụng công nghệ silica.

Silicon Carbide (SiC) có độ nhạy cao

Độ nhạy của các bộ kit qRT-PCR (sử dụng trong chẩn đoán bệnh do virus) bị ảnh hưởng rất nhiều bởi chất lượng RNA đầu vào. Công nghệ SiC giúp thu nhận RNA virus ở chất lượng tốt nhất, nhờ đó có thể phát hiện virus ở mức 400 bản sao/mL nước bọt (tức là 10 bản sao trong 1 phản ứng PCR). Điều này rất lý tưởng cho việc phát hiện mẫu có tải lượng virus thấp ở các bệnh nhân không có triệu chứng hoặc đang hồi phục.

Một thực tế khác đó là RNA virus bảo quản trong môi trường vận chuyển virus thường có xu hướng bị phân mảnh theo thời gian, việc tách chiết RNA bằng công nghệ silica có thể gây ra tình trạng âm tính giả. Ngược lại, điều tương tự sẽ không xảy ra khi tách chiết RNA bằng công nghệ SiC bởi vì SiC có ái lực như nhau với RNA ở mọi kích thước.

Silicon Carbide (SiC) không cần sử dụng carrier RNA

Khi tách chiết RNA bằng công nghệ silica, carrier RNA thường được bổ sung trong các bộ kit tách chiết RNA virus nhằm làm tăng hiệu quả tách chiết. Tuy nhiên, sự hiện diện của carrier RNA trong dung dịch rửa giải (elute solution) có thể ảnh hưởng nghiêm trọng đến các ứng dụng phía sau, chẳng hạn như làm giảm đáng kể hiệu quả giải trình tự RNA. Trong khi đó, công nghệ SiC hoàn toàn không sử dụng carrier RNA, nhờ đó đảm bảo hiệu quả cho các ứng dụng phía sau.

Silicon Carbide (SiC) không cần sử dụng phenol/chloroform

RNA tách chiết bằng phenol/chloroform sẽ có chất lượng không đảm bảo cho những ứng dụng phía sau, chưa kể việc tách chiết bằng hóa chất rất độc hại và tốn công sức. Vì vậy, việc sử dụng một công nghệ tách chiết RNA không sử dụng hóa chất như công nghệ SiC sẽ tối ưu chất lượng RNA hơn.

Silicon Carbide (SiC) phù hợp với dung dịch đệm bất hoạt virus

Trong tầm soát bệnh truyền nhiễm, mẫu thường được vận chuyển trong môi trường vận chuyển virus, điều này khiến người thao tác dễ bị phơi nhiễm với virus. Việc sử dụng dung dịch đệm bất hoạt virus sẽ có ý nghĩa rất lớn trong đảm bảo an toàn cho người thao tác. Công nghệ SiC hoàn toàn tương thích với các quy trình có sử dụng mẫu bảo quản trong dung dịch đệm bất hoạt virus.

Sơn Phạm – Lược dịch

Tài liệu tham khảo

Abdalla, M., Lam, B., Simkin, M., Rghei, N., & Haj-Ahmad, Y. (2011). Effect of RNA Isolation Method on microRNA Quantity and Quality in Plasma: A Comparative Study. Norgen Biotek Corporation Application Note 49: RNA Sample Preparation.

Norgen Biotek (2020). FIVE reasons why Norgen’s Silicon-Carbide (SiC) based technology is superior to the traditional silica-based technology.

Norgen Biotek (PDF). Silicon Carbide as a Novel RNA Affinity Medium with Improved Sensitivity and Size Diversity.