THÔNG TIN MÔ TẢ
Nghiên cứu hệ genomics với độ phân giải ở cấp độ tế bào đơn
Nghiên cứu sự phức tạp của quá trình phát triển, bệnh tật, chức năng gen và phản ứng điều trị ở độ phân giải từng tế bào đơn lẻ. Các sàng lọc CRISPR trên từng tế bào đơn cho phép đọc toàn diện và có thể mở rộng về kiểu hình tế bào, trực tiếp đánh giá cả các chỉnh sửa gen hoặc knockdown do CRISPR gây ra và các kiểu hình bị xáo trộn, bao gồm biểu hiện gen và protein bề mặt tế bào.
Quy trình làm việc
Thiết kế thư viện CRISPR
Lựa chọn các gen mục tiêu mà bạn muốn nghiên cứu sâu về chức năng – từ phân tích sâu một tập hợp gồm hàng chục gen đến việc sàng lọc hàng trăm gen có liên quan đến nhiều con đường (pathways). Sau đó, thiết kế sgRNA của bạn theo yêu cầu bằng các công cụ thiết kế được cung cấp miễn phí.
Chuẩn bị mẫu
Tải nạp và kích thích các tế bào của bạn— lây nhiễm các tế bào, chọn lọc các tế bào biểu hiện CRISPR dẫn đường, và áp dụng kích thích; sau đó thu các tế bào, và bắt đầu khám phá đồng thời hàng trăm nghìn tế bào. Tuân thủ các thao tác thực hành được 10x khuyến cáo để rửa, đếm, và cô đặc tế bào nhằm giảm thiểu sự hiện diện của các cụm tế bào, và thu được huyền phù tế bào đơn chất lượng cao.
Tạo thư viện 10x
Bằng việc sử dụng các bộ kit thuốc thử và thiết bị Chromium của 10x Genomics thì vi giọt tế bào đơn được tạo ra mà trong mỗi vi giọt, quá trình phiên mã ngược diễn ra để tạo cDNA từ mRNA cũng như CRISPR dẫn đường (CRISPR guides) của tế bào đơn; tất cả các cDNA đều có chung một 10x barcode đến từ tế bào gốc của nó.
Giải trình tự
Thư viện được gắn 10x barcode tương thích với việc phân tích dữ liệu giải trình tự đoạn đọc ngắn của Illumina, cho phép lập hồ sơ song song hàng trăm nghìn tế bào đơn.
Phân tích dữ liệu
Sử dụng phần mềm phân tích Cell Ranger để tự động xác định các RNA dẫn đường (guide RNA) đối với mỗi tế bào và đánh giá trực tiếp tác động nhiễu loạn của RNA dẫn đường (guide RNA) đối với gen mục tiêu cũng như toàn bộ hệ phiên mã.
Trực quan hóa dữ liệu
Phần mềm Loupe Browser giúp người dùng phân tích dữ liệu một cách có tương tác. Qua đó, người dùng có thể nghiên cứu các mô hình biểu hiện của các gen (genes expression patterns) và các kiểu hình nhiễu loạn liên quan cũng như thực hiện phân tích so sánh giữa các cụm tế bào và mẫu khác nhau.
