THÔNG TIN MÔ TẢ
Một tế bào, hai kết quả: Phát hiện đồng thời mRNA và khả năng tiếp cận chromatin từ cùng một tế bào.
Xác định điều hòa gen: Khám phá các tương tác điều hòa gen mới.
Độ phân giải tế bào đơn: Phát hiện các quần thể tế bào hiếm với độ chính xác từng tế bào.
Linh hoạt và có thể mở rộng: Lập hồ sơ hàng trăm đến hàng chục nghìn tế bào trên mỗi mẫu.
Phân tích dữ liệu dễ dàng: Khám phá đồng thời thông tin biểu hiện gen và khả năng tiếp cận chromatin với phần mềm dễ sử dụng.
Quy trình làm việc trong phòng thí nghiệm hiệu quả: Từ quá trình chuẩn bị mẫu đến tạo thư viện sẵn sàng cho việc giải trình tự diễn ra trong hai ngày.
Khám phá thông tin tiềm ẩn
Việc lập hồ sơ hệ đa omics (transcriptome và epigenome ) ở độ phân giải tế bào đơn có thể thay đổi hoàn toàn hiểu biết trước giơ của bạn về sinh học. Nâng cao khả năng xác định các loại tế bào và trạng thái tế bào cũng như có được cái nhìn sâu sắc hơn về các cơ chế điều hòa gen cơ bản với hai kết quả đọc từ mỗi tế bào khi sử dụng giải pháp Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression
Bạn có thể làm gì
Đặc tính sâu hơn của các loại và trạng thái tế bào
Mô tả đặc điểm của các quần thể tế bào phức tạp và nắm bắt tính không đồng nhất của tế bào để khám phá những thông tin tiềm ẩn bằng sự kết hợp giữa việc lập hồ sơ biểu hiện gen và biểu sinh. Tận dụng các gene marker để giải thích hồ sơ biểu sinh dễ dàng hơn.
Khám phá các tương tác điều hòa gen mới
Kết hợp việc khám phá các yếu tố điều hòa với biểu hiện gen để khám phá các tương tác điều hòa gen thúc đẩy sự biệt hóa, phát triển và bệnh tật của tế bào.
Tận dụng tối đa các mẫu quý giá của bạn
Tối đa hóa thông tin chi tiết từ các mẫu giới hạn của bạn bằng cách lấy thông tin về bản sao phiên mã và chromatin ở trạng thái mở từ cùng một tế bào.
Khám phá mức độ phức tạp của bệnh
Hiểu cơ chế mạng lưới điều hòa gen bị gián đoạn trong bệnh tật. Đi sâu vào cơ chế biến đổi gen biểu sinh và kháng trị liệu.
Quy trình làm việc
1. Chuẩn bị mẫu
Bắt đầu với huyền phù nhân được phân lập từ tế bào được nuôi cấy, tế bào sơ cấp hoặc mô tươi hoặc đông lạnh.
(CHROMIUM NUCLEI ISOLATION KIT: Sử dụng cho nhiều loại mô động vật có vú đông lạnh, Chromium Nuclei Isolation Kit cung cấp tất cả dụng cụ cần thiết cho việc phân lập hạt nhân một cách dễ dàng và đáng tin cậy. Bộ kit được tối ưu hóa cho giải pháp 10x Genomics Single Cell Multiome assay.)
2. Tạo thư viện 10x
Bằng việc sử dụng các bộ kit thuốc thử và thiết bị Chromium của 10x Genomics thì vi giọt tế bào đơn được tạo ra mà trong mỗi vi giọt, quá trình phiên mã ngược diễn ra để gắn 10x barcode cho mỗi tế bào.
3. Giải trình tự
Thư viện ATAC-seq được gắn 10x barcode tương thích với trình tự đoạn đọc ngắn của Illumina, cho phép lập hồ sơ song song hàng nghìn tế bào đơn.
4. Phân tích dữ liệu
Phần mềm phân tích Cell Ranger ARC tạo các hồ sơ biểu hiện gen và chromatin ở trạng thái mở cho từng tế bào, xác định các cụm tế bào có hồ sơ tương tự và tính toán mối liên kết giữa các đỉnh chromatin ở trạng thái mở và biểu hiện gen.
(ĐẦU RA PIPELINE PHÂN TÍCH: Đầu ra bao gồm thông tin QC và các tệp có thể dễ dàng sử dụng để phân tích sâu hơn trong phần mềm trực quan hóa Loupe Browser hoặc các công cụ R/Python của bên thứ ba.)
5. Trực quan hóa dữ liệu
Sử dụng phần mềm trực quan hóa Loupe Browser để khám phá kết quả của bạn một cách tương tác, so sánh khả năng tiếp cận chromatin và biểu hiện gen giữa các loại và trạng thái tế bào, đồng thời nghiên cứu mối liên kết giữa các đỉnh chromatin ở trạng thái mở và biểu hiện gen.
(Loupe Browser là phần mềm mà bất kì ai đều có thể dễ dàng tải xuống và sử dụng chỉ với việc sử dụng chuột.)
Câu hỏi thường gặp
Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression cho phép bạn làm gì?
Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression cho phép lập hồ sơ đồng thời bộ phiên mã (sử dụng 3’ Gene Expression) và bộ gen biểu sinh (sử dụng ATAC-seq) từ các tế bào đơn để giúp bạn hiểu sâu hơn về cách gen được biểu hiện và điều hòa giữa các loại tế bào khác nhau.
Độ nhạy của Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression so với các giải pháp Single Cell 3’ Gene Expression và Single Cell ATAC assays đơn lẻ khác nhau như thế nào?
Trong các loại mẫu được thử nghiệm với Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression, hiệu suất của ATAC + gene expression tương đương với hiệu suất của quy trình 10x Genomics độc lập tương ứng (Chromium Single Cell ATAC hoặc Chromium Single Cell Gene Expression) khi mẫu đầu vào là nhân tế bào.
Giải pháp Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression có tương thích với công nghệ Feature Barcode không?
Không, hiện tại công nghệ Feature Barcode không tương thích với Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression.
Loại mẫu nào có thể tương thích với giải pháp Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression?
Mẫu đầu vào cần thiết đối với giải pháp luôn là huyền phù hạt nhân. Có thể thu được huyền phù nhân chất lượng cao từ tế bào tươi và tế bào đông lạnh, mô tươi và mô đông lạnh.Chromium Nuclei Isolation Kit có thể được sử dụng để tạo huyền phù hạt nhân chất lượng cao từ nhiều loại mô đông lạnh với mức tối ưu hóa tối thiểu.
Thử nghiệm này đã được tối ưu hóa cho mẫu người và chuột.
Dữ liệu Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression có thể được phân tích kết hợp với các giải pháp riêng lẻ không?
Có, dữ liệu từ Single Cell ATAC và Single Cell Gene Expression được cung cấp ở định dạng tệp tương thích với Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression và có thể được tích hợp bằng các công cụ của bên thứ ba, chẳng hạn như Seurat.
