RNA Immunoprecipitation Sequencing (RIP-seq)

Giải trình tự miễn dịch RNA (RIP-seq)

Giải trình tự miễn dịch RNA (RIP-seq) là một phương pháp giải trình tự RNA thông lượng cao, được sử dụng rộng rãi để nghiên cứu các tương tác giữa Protein và RNA, nhằm phát hiện các tương tác RNA với các protein mục tiêu. Việc kết hợp RIP-seq với các công nghệ giải trình tự khác giúp phát hiện một số lượng lớn các phức hợp RNA-protein chỉ trong một lần chạy. RIP-seq không chỉ cung cấp cái nhìn sâu sắc về chân lý trung tâm (bao gồm sao chép và dịch mã), mà còn đóng vai trò quan trọng trong các lĩnh vực nghiên cứu gần đây như điều hòa gen bởi ncRNA và cơ chế nhiễu loạn RNA (RNA interference).

Danh mục:

Ứng dụng

  • Xác minh các tương tác giữa RNA và các protein mục tiêu
  • Xác định mạng lưới tương tác RNA–RBP (RNA-binding protein) trên toàn bộ hệ gen
  • Phân tích tương tác giữa RBP và các loại RNA không mã hóa (ncRNA), RNA không mã hóa dài (lncRNA) và vi RNA (miRNA)

Lợi ích

  • RIP-seq là một công cụ đa chức năng giúp giải thích mạng lưới tương tác giữa RNA và RBP liên quan đến các ncRNA như lncRNA và miRNA.
  • So với CLIP-seq, RIP-seq không yêu cầu liên kết chéo bằng tia UV, giúp quy trình thao tác đơn giản hơn và đảm bảo kết quả chính xác.
  • Phạm vi bao phủ rộng cho phép sàng lọc và xác định chính xác các vị trí liên kết protein trên toàn bộ hệ gen.
  • Việc kết hợp giữa công nghệ có độ phân giải cao và thông lượng cao giúp phát hiện được nhiều vị trí liên kết protein mới hơn.

Thông số kỹ thuật: Yêu cầu mẫu RNA

Loại mẫu Lượng yêu cầu Phân bố đoạn đỉnh (Peaks) Độ tinh khiết
RNA đã làm giàu ≥ 100 ng (nồng độ ≥ 3 ng/μL) Đối với mẫu không cắt mảnh, đoạn RNA ≥ 1000 bp A260/280 > 2.0

Thông số kỹ thuật: Giải trình tự và phân tích

  • Nền tảng giải trình tự: Hệ thống Illumina NovaSeq 6000
  • Chiều dài đọc: Cặp đọc 150 bp (Paired-end 150 bp)
  • Lượng dữ liệu khuyến nghị: ≥ 20 triệu cặp đọc cho mỗi mẫu (áp dụng cho các loài có hệ gen tham chiếu)

Nội dung phân tích dữ liệu:

  • Kiểm soát chất lượng dữ liệu
  • Căn chỉnh (alignment) với hệ gen tham chiếu
  • Gọi đỉnh liên kết (Peak calling)
  • Phân tích motif
  • Chú thích các đỉnh liên kết
  • Phân tích chức năng các gen liên quan đến đỉnh liên kết
  • Trực quan hóa dữ liệu RIP-seq

Quy trình thực hiện dự án

Dịch vụ RIP-seq của Novogene bao gồm bốn bước: bắt đầu từ chuẩn bị mẫu, tiếp đến là chuẩn bị thư viện RNA, thực hiện giải trình tự Illumina PE150, và cuối cùng là phân tích dữ liệu thông qua các pipeline tin sinh học.

Từ việc lấy mẫu RNA đến khi có được báo cáo dữ liệu, mỗi bước đều có thể ảnh hưởng đến chất lượng và số lượng dữ liệu đầu ra, qua đó tác động trực tiếp đến kết quả phân tích tin sinh học. Novogene đảm bảo kiểm soát nghiêm ngặt mọi bước, bao gồm kiểm tra chất lượng mẫu, kiểm tra chất lượng thư viện, và kiểm soát chất lượng dữ liệu giải trình tự, nhằm đảm bảo dữ liệu có độ chính xác cao, tin cậy và chất lượng vượt trội, đồng thời cung cấp phân tích tin sinh học toàn diện.

Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)

GeneSmart tự hào là đơn vị tiên phòng đầu tiên tại Việt Nam cung cấp giải pháp:

1. Giải trình tự tế bào đơn (SINGLE-CELL SEQUENCING);

2. Chuẩn bị mẫu tự động (AUTOMATED LIQUID HANDLING);

3. Xét nghiệm và chẩn đoán bệnh nhiễm (DIAGNOSIS OF INFECTIOUS DISEASE);

4. Sinh chiết lỏng (LIQUID BIOPSY)

5. Giải phẫu bệnh sinh học phân tử (MOLECULAR PATHOLOGY)

6. Nghiên cứu ung thư (CANCER RESEARCH)

7. Nghiên cứu miễn dịch (IMMUNOLOGY)

8. Khoa học hình sự (FORENSIC)

9. Trữ mẫu sinh học (Ngân hàng sinh học, BIOBANKING)

-----------------------

CÔNG TY TNHH KHOA HỌC CÔNG NGHỆ GENESMART (MST: 0315672982)

Địa chỉ: 65-67 Đường Số 5 - Cư xá Bình Thới, Phường 8, Quận 11, Thành phố Hồ Chí Minh.

Hotline: +84 947 528 778 | Website: https://genesmart.vn/

Email: [email protected] hoặc [email protected]

Download Flyer

Sản phẩm tương tự

Menu Ẩn
Search Icon