Novogene cung cấp dịch vụ giải trình tự bisulfite toàn hệ gen (WGBS) nhằm xác định hiệu quả các cytosine được methyl hóa trên toàn bộ hệ gen với độ phân giải từng nucleotide. Việc nắm bắt toàn diện “methylome” là điều thiết yếu để hiểu rõ sự điều hòa biểu hiện gen và nhiều quá trình sinh học bị chi phối bởi cơ chế biểu sinh (epigenetic).
Ứng dụng
Novogene cung cấp dữ liệu chất lượng cao và kết quả phân tích sẵn sàng cho công bố trong các nghiên cứu WGBS, hỗ trợ nghiên cứu như:
- Lập hồ sơ methyl hóa tại các vị trí CG, CHG và CHH với độ phân giải từng nucleotide
- Phát hiện các vị trí methyl hóa khác biệt liên quan đến điều kiện xử lý thí nghiệm hoặc điều kiện mẫu
- Hiểu rõ cơ chế biệt hóa tế bào hoặc phát triển mô dựa trên hồ sơ methyl hóa
- Chẩn đoán sớm bệnh lý và ung thư thông qua phát hiện tình trạng hypermethylation hoặc hypomethylation của DNA
Lợi ích
- Đã hoàn thành hàng trăm dự án với dữ liệu chất lượng cao, đạt chuẩn công bố và phân tích tin sinh học chuyên sâu.
- Yêu cầu lượng DNA đầu vào cực thấp và tỷ lệ chuyển đổi bisulfite cao trong quá trình chuẩn bị thư viện methyl hóa.
- Sử dụng phần mềm chuẩn ngành như Bismark cùng với pipeline phân tích nội bộ đã được tối ưu và kiểm nghiệm thực tế.
- Phân tích liên kết tùy chỉnh để khám phá mối tương quan giữa methyl hóa DNA và biểu hiện gen.
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu mẫu DNA
| Loại mẫu | Lượng yêu cầu | Độ tinh khiết |
|---|---|---|
| DNA hệ gen | ≥ 200 ng | A260/280 = 1.8–2.0 |
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự & Phân tích
- Nền tảng: Illumina NovaSeq 6000
- Chiều dài đọc: Đọc hai đầu (Paired-end) 150 bp
- Độ sâu giải trình tự: ≥ 30× độ phủ đối với các loài có hệ gen tham chiếu
Phân tích dữ liệu tiêu chuẩn bao gồm:
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu
- Phát hiện cytosine methyl hóa (mCs), tính toán mức độ methyl hóa
- Phân tích mức độ và phân bố tần suất methyl hóa
- Phát hiện các vị trí methyl hóa khác biệt (DMS)
- Phát hiện và chú thích các vùng (DMRs) và promoter (DMPs) có methyl hóa khác biệt
- Phân tích làm giàu chức năng của các gen liên quan đến DMR và DMP
- Trực quan hóa dữ liệu giải trình tự bisulfite (BS-seq)
- Phân tích so sánh giữa các mẫu
Quy trình dự án
Novogene cung cấp các sản phẩm chất lượng cao và dịch vụ chuyên gia xuyên suốt toàn bộ quy trình dự án. Mỗi bước đều được thiết kế và thực hiện cẩn trọng theo các tiêu chuẩn khoa học nghiêm ngặt, nhằm đảm bảo kết quả nghiên cứu xuất sắc.
Để đảm bảo độ chính xác và độ tin cậy của dữ liệu giải trình tự, Novogene áp dụng các biện pháp kiểm soát chất lượng nghiêm ngặt ở mọi giai đoạn. Quy trình làm việc bao gồm các bước chính như: chuẩn bị và định lượng mẫu, xây dựng thư viện, kiểm soát chất lượng thư viện, giải trình tự và phân tích tin sinh học.
