Khi các phức hợp protein-DNA được thu nhận từ các tế bào sống, các vị trí gắn kết có thể được so sánh giữa các loại tế bào và mô khác nhau hoặc trong các điều kiện khác nhau. Tại Novogene, chúng tôi cung cấp dịch vụ giải trình tự chất lượng cao và các giải pháp tin sinh học toàn diện cho các dự án ChIP-seq của bạn.
Ứng dụng
ChIP-seq mang đến các giải pháp nghiên cứu điều hòa và đáp ứng các nhu cầu nghiên cứu chuyên biệt, chẳng hạn như:
- Tìm hiểu cách các yếu tố phiên mã điều hòa gen thông qua việc lập bản đồ các vị trí gắn kết trên toàn bộ hệ gen và phân tích motif.
- Phác họa các mô hình biến đổi histone liên quan đến điều kiện xử lý thí nghiệm hoặc mẫu sinh học.
- Nghiên cứu mối liên hệ giữa hồ sơ biểu sinh (epigenetic profiles) và điều hòa phiên mã thông qua phân tích kết hợp.
- Thích ứng với nhiều loại DNA được miễn dịch kết tủa bằng nhiều phương pháp khác nhau, bao gồm ChIP, Cut&Tag, v.v.
Lợi ích
- Dữ liệu đầu ra ổn định và đáng tin cậy, với chất lượng dữ liệu được đảm bảo có điểm số Q30 ≥ 80%.
- Phân tích tin sinh học chuyên sâu sử dụng phần mềm MACS2 chuẩn ngành và các chương trình phiên bản mới nhất để dự đoán motif, chú thích đỉnh (peak annotation), phân tích chức năng và trực quan hóa dữ liệu.
- Cung cấp phân tích liên kết để khám phá mối tương quan giữa dữ liệu ChIP-seq và biểu hiện gen.
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu mẫu DNA
| Loại mẫu DNA | Lượng yêu cầu | Kích thước đoạn | Độ tinh khiết |
|---|---|---|---|
| Mẫu DNA đã làm giàu | ≥ 20 ng (nồng độ ≥ 2 ng/μL) | 100 bp ~ 500 bp | A260/280 = 1.8–2.0 |
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự & Phân tích
- Nền tảng: Illumina NovaSeq 6000
- Chiều dài đọc: Đọc hai đầu (pair-end) 150 bp
- Độ sâu giải trình tự: ≥ 20 triệu cặp đọc cho mỗi mẫu đối với các loài có hệ gen tham chiếu
Phân tích dữ liệu tiêu chuẩn bao gồm:
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu
- Căn chỉnh lên hệ gen tham chiếu
- Gọi đỉnh (peak calling)
- Dự đoán motif
- Chú thích đỉnh và phân tích chức năng các gen liên quan
- Tổng hợp các đỉnh khác biệt và phân tích chức năng của các gen liên quan đến các đỉnh khác biệt
- Trực quan hóa dữ liệu ChIP-seq
Quy trình dự án
Dịch vụ ChIP-seq của Novogene bao gồm bốn bước: chuẩn bị mẫu, chuẩn bị thư viện DNA, giải trình tự Illumina PE150 và phân tích dữ liệu bằng quy trình tin sinh học. Từ bước thu nhận DNA đến khi có báo cáo dữ liệu, mỗi bước đều có thể ảnh hưởng đến chất lượng và số lượng dữ liệu đầu ra, từ đó ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả phân tích tin sinh học sau này.
Novogene kiểm soát nghiêm ngặt từng bước, bao gồm kiểm soát chất lượng mẫu, kiểm soát chất lượng thư viện và kiểm soát chất lượng dữ liệu giải trình tự, để đảm bảo dữ liệu đầu ra có chất lượng cao, chính xác và đáng tin cậy, đồng thời cung cấp phân tích tin sinh học toàn diện.
