Bằng cách kết hợp công nghệ giải trình tự thế hệ mới (NGS), giải trình tự bisulfite và enzyme hạn chế, Novogene cung cấp dịch vụ lập hồ sơ methyl hóa toàn hệ gen với chi phí rất phải chăng.
Ứng dụng
- Ứng dụng trong lĩnh vực nghiên cứu lâm sàng như: phân loại các phân nhóm khối u, xác định dấu ấn phân tử, định vị mục tiêu của thuốc, và nghiên cứu cơ chế bệnh lý.
- Ứng dụng trong nông nghiệp như: phát triển giống cây trồng, đánh giá khả năng thích nghi, và cải tiến các đặc tính nông học.
Lợi ích
- Tiết kiệm chi phí hơn so với phương pháp giải trình tự toàn bộ genome đã methyl hóa (WGBS) trong nghiên cứu động vật có vú.
- Xác định chính xác vị trí methyl hóa với độ phân giải từng base.
- Bao phủ hàng triệu vị trí CpG trên toàn hệ gen.
- Yêu cầu lượng DNA đầu vào thấp.
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu mẫu DNA
| Loại mẫu | Lượng yêu cầu | Độ tinh khiết |
|---|---|---|
| DNA hệ gen | ≥ 1 μg | A260/280 = 1.8–2.0 |
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự & Phân tích
- Nền tảng giải trình tự: Hệ thống giải trình tự Illumina NovaSeq 6000
- Chiều dài đọc: Đọc hai đầu (Paired-end) 150 bp
- Dữ liệu khuyến nghị: ≥ 10 Gb dữ liệu sạch cho mỗi mẫu
Nội dung phân tích dữ liệu bao gồm:
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu
- Hiệu suất cắt của enzyme MspⅠ
- Căn chỉnh với hệ gen tham chiếu
- Gọi vị trí methyl hóa (mC-calling)
- Phân tích mức độ methyl hóa và phân bố tần suất
- Phát hiện các vị trí methyl hóa khác biệt (DMS)
- Phát hiện và chú thích các vùng và điểm methyl hóa khác biệt (DMRs và DMPs)
- Phân tích làm giàu các gen methyl hóa khác biệt
- Trực quan hóa dữ liệu giải trình tự bisulfite (BS-seq)
Quy trình dự án
Dịch vụ RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing) của Novogene gồm bốn bước:
- Chuẩn bị mẫu
- Chuẩn bị thư viện
- Giải trình tự
- Phân tích dữ liệu bằng quy trình tin sinh học
Trong quá trình xây dựng thư viện methyl hóa, RNA được xử lý bằng enzyme hạn chế để tạo các đoạn có độ dài khác nhau, sau đó các cytosine chưa được methyl hóa sẽ được biến đổi thành uracil bằng xử lý bisulfite natri. Các thư viện được giải trình tự bằng công nghệ Illumina PE150, và sau đó dữ liệu sẽ được trích xuất và phân tích bằng công cụ tin sinh học.
Novogene giám sát nghiêm ngặt từng bước thực nghiệm để đảm bảo độ chính xác và độ tin cậy của dữ liệu giải trình tự. Kiểm soát chất lượng thư viện RRBS là điều kiện tiên quyết để đảm bảo đầu ra dữ liệu có chất lượng cao. Việc có được dữ liệu chất lượng tốt là cơ sở để đảm bảo phân tích tin sinh học chính xác, toàn diện và đáng tin cậy.
