Dịch vụ giải trình tự metagenomics khuếch đại vùng đích (16S/18S/ITS) của Novogene
Giải trình tự metagenomics khuếch đại vùng đích là một phương pháp hiệu quả về chi phí so với giải trình tự metagenomics Shotgun, cho phép sàng lọc các nhóm sinh vật mục tiêu và phân tích đa dạng vi sinh vật trong cộng đồng một cách toàn diện. Phương pháp này được ứng dụng rộng rãi trong các nghiên cứu sinh thái học vi sinh, phân tích phát sinh loài, nhận diện loài từ các mẫu tinh khiết, cũng như phát hiện các sinh vật có ý nghĩa y sinh hoặc nông nghiệp, bao gồm cả vi sinh vật gây bệnh và vi sinh vật có lợi.
Phương pháp hoạt động
Giải trình tự amplicon metagenomics hoạt động dựa trên việc khuếch đại vùng gen đánh dấu đặc hiệu (ví dụ: 16S cho vi khuẩn, 18S cho sinh vật nhân thực, và ITS cho nấm), sau đó tiến hành giải trình tự và phân tích bằng các thuật toán sinh học phân tử hiện đại.
Phương pháp này cho phép:
- Xác định chính xác sinh vật mục tiêu trong cộng đồng vi sinh vật phức tạp
- Phân loại và chú thích đa dạng vi sinh vật, từ cấp độ giới đến loài
- Phân biệt rõ giữa vi khuẩn, vi khuẩn cổ (archaea) thông qua 16S, và sinh vật nhân thực như nấm và động vật nguyên sinh thông qua 18S hoặc ITS
- Phát hiện vi sinh vật gây bệnh, ô nhiễm, hoặc vi sinh vật có lợi trong đất, nước, hoặc mẫu sinh học
- Phân tích mẫu mô và dịch sinh học nhằm hỗ trợ chẩn đoán bệnh lý và ung thư
Ưu điểm nổi bật của dịch vụ Novogene
- Kinh nghiệm dày dạn với hàng nghìn dự án amplicon sequencing đã hoàn thành thành công
- Công nghệ tiên tiến: hỗ trợ cả trình tự đoạn ngắn và trình tự toàn bộ gen 16S (Full-Length Amplicon Sequencing)
- Linh hoạt trong thiết kế thí nghiệm: hỗ trợ thiết kế mồi khuếch đại tùy chỉnh
- Phân tích chính xác và tùy biến:
- Phân cụm thành OTUs bằng pipeline Qiime 1
- Denoising thành ASVs bằng DADA2 trong Qiime 2
- Hỗ trợ cơ sở dữ liệu và phương pháp phân tích được thiết kế riêng theo yêu cầu nghiên cứu
Các Vùng Gen Chính Được Khuếch Đại
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) | |
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | ||||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | ||
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | ||||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | ||
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | ||||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | ||
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | ||||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA | |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | ||||
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) | |
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA | |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | ||||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG | |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | ||||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | ||
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | ||||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | ||
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | ||||
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu đối với mẫu DNA
| Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
| Total DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
Thông số kỹ thuật: Trình tự hóa và Phân tích
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq 6000 | |
| Sequencing Strategy | NovaSeq Reagent (500 Cycles) | |
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | |
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha and Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaStat, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) |
| Advanced Analysis | Spearman, CCA/RDA, VPA analysis Network analysis Function prediction analysis | |
Quy trình Dự án
Novogene cung cấp các sản phẩm chất lượng cao và dịch vụ chuyên nghiệp xuyên suốt toàn bộ quy trình dự án. Mỗi bước đều được thiết kế và thực hiện cẩn thận nhằm đáp ứng các tiêu chuẩn khoa học nghiêm ngặt, đảm bảo kết quả nghiên cứu xuất sắc. Để đảm bảo độ chính xác và độ tin cậy của dữ liệu giải trình tự, các biện pháp kiểm soát chất lượng (QC) nghiêm ngặt được áp dụng ở từng giai đoạn của quy trình. Quy trình làm việc bao gồm các bước chính như chuẩn bị và định lượng mẫu, cắt đoạn và chuẩn bị thư viện, kiểm tra chất lượng thư viện, giải trình tự và phân tích tin sinh học.
