Với kinh nghiệm sâu rộng trong vận hành thí nghiệm và phân tích tin sinh học, Novogene cung cấp dịch vụ đặc trưng loài một cách chính xác, nhanh chóng và toàn diện, đồng thời tạo ra các kết quả đáng tin cậy. Hơn nữa, các dịch vụ trọn gói của Novogene đảm bảo thời gian xử lý siêu nhanh.
Ứng dụng
Đối với nghiên cứu cá thể:
- Hướng dẫn sức khỏe động vật và chọn giống di truyền
- Cung cấp cơ sở lý thuyết cho việc sàng lọc thuốc
- Khám phá nguồn tài nguyên dược liệu và đổi mới giống loài
Đối với nghiên cứu quần thể:
- Khám phá nguồn gốc và tiến hóa của loài
- Cung cấp những hiểu biết mới về mô hình phân kỳ hệ gen
Lợi ích
- Kinh nghiệm cao: Các nhà nghiên cứu trình độ cao của Novogene đã hoàn thành các dự án giải trình tự hệ gen De novo lớn và đã công bố dữ liệu trong các tạp chí hàng đầu.
- Chuyên môn tin sinh học: Sử dụng các phần mềm hàng đầu và được công nhận rộng rãi, chẳng hạn như Falcon và Canu, cho các phân tích tin sinh học toàn diện trên thực vật và động vật.
- Chiến lược đa dạng: Bằng cách tích hợp kết quả giải trình tự từ nhiều nền tảng bao gồm Illumina Novaseq, PacBio Revio/Sequel II/Sequel IIe, và Oxford PromethION, chúng tôi cung cấp giải pháp lắp ráp tối ưu được thiết kế riêng cho từng hệ gen cụ thể.
- Chất lượng dữ liệu vượt trội: Chúng tôi đảm bảo điểm chất lượng Q30 ≥ 85%, vượt mức cam kết chính thức của Illumina là ≥ 75%.
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu mẫu DNA
| Loại nền tảng | Loại mẫu | Lượng mẫu (Qubit®) | Độ tinh khiết |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq 6000 | DNA hệ gen | ≥ 200 ng | A260/280 = 1.8–2.0; không bị phân hủy, không bị nhiễm tạp |
| DNA hệ gen (PCR free, không 350bp) | ≥ 5 μg | ||
| DNA hệ gen (PCR free -350bp) | ≥ 1.2 μg | ||
| PacBio Sequel II – Thư viện DNA CLR | DNA hệ gen phân tử cao (HMW) | ≥ 5 μg (nồng độ ≥ 70 ng/μL) | A260/280 = 1.75–2.0; A260/230 = 1.5–2.6; NC/QC = 0.95–3.00; Mảnh DNA nên ≥ 30 kb |
| PacBio Revio/Sequel II/IIe – Thư viện DNA HiFi | DNA HMW | ≥ 15 μg (nồng độ ≥ 70 ng/μL) | A260/280 = 1.8–2.0; A260/230 = 1.5–2.6; NC/QC = 1.00–2.20; Mảnh DNA nên ≥ 30 kb |
| Nanopore PromethION | DNA HMW | ≥ 8 μg (nồng độ ≥ 100 ng/μL) | A260/280 = 1.75–2.0; A260/230 = 1.4–2.6; NC/QC = 0.95–3.00; Mảnh DNA nên ≥ 30 kb |
Ghi chú: NC/QC = Tỷ lệ giữa nồng độ đo bằng NanoDrop và nồng độ đo bằng Qubit
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự và Phân tích
| Tham số giải trình tự | Illumina Novaseq 6000 | PacBio Revio/Sequel II/IIe | Nanopore PromethION |
|---|---|---|---|
| Chiều dài đọc | Đọc hai đầu 150 bp | N50 > 15 kb, chiều dài đọc dài lên tới 25 kb (CCS) | Trung bình > 17 kb |
| Độ sâu khuyến nghị | Đối với khảo sát hệ gen hoặc tinh chỉnh lắp ráp: ≥ 50× | Đối với lắp ráp hệ gen: ≥ 50× | Đối với lắp ráp hệ gen: ≥ 50× |
Phân tích chuẩn
- Phân tích K-mer
- Phân tích hàm lượng GC
- Đánh giá tỷ lệ trình tự lặp
- Đánh giá tỷ lệ dị hợp tử
- Ước tính kích thước hệ gen
Lắp ráp bằng đọc dài:
- Thống kê lắp ráp
- Đánh giá độ đầy đủ của gen
Chú thích hệ gen:
- Dự đoán vùng lặp
- Dự đoán cấu trúc gen
- Dự đoán chức năng gen
- Dự đoán RNA không mã hóa
Quy trình thực hiện dự án
Từ chuẩn bị mẫu, chuẩn bị thư viện, giải trình tự bằng đọc ngắn và đọc dài, kiểm soát chất lượng dữ liệu, đến phân tích tin sinh học, Novogene cung cấp các sản phẩm chất lượng cao và dịch vụ chuyên nghiệp. Mỗi bước đều được thực hiện theo tiêu chuẩn khoa học cao và thiết kế tỉ mỉ nhằm đảm bảo kết quả nghiên cứu chất lượng.
