Dịch vụ Giải trình tự toàn bộ hệ gen động vật và thực vật
Novogene cung cấp dịch vụ giải trình tự toàn bộ hệ gen động vật và thực vật với thời gian hoàn tất siêu nhanh, dữ liệu giải trình tự chất lượng cao và kết quả phân tích đáng tin cậy. Dịch vụ này đã được ứng dụng trong nhiều lĩnh vực như nghiên cứu di truyền quần thể, các nghiên cứu liên kết toàn hệ gen (GWAS), và các chương trình chọn giống trong nông nghiệp.
Ứng dụng
- Làm sáng tỏ các cơ chế phân tử liên quan đến chọn giống và quá trình hình thành loài
- Cung cấp nguồn dữ liệu phục vụ thúc đẩy cải tiến di truyền
- Nghiên cứu nguồn gốc và tiến hóa của các loài
- Xác định các biến thể di truyền phổ biến giữa các quần thể
Lợi ích
- Quy trình thực hiện nghiêm ngặt theo SOP đảm bảo tiến độ triển khai nhanh chóng
- Dữ liệu đầu ra có chất lượng vượt trội với Q30 ≥ 85%
- Các giải pháp nâng cao và tùy chỉnh phục vụ nghiên cứu quần thể và GWAS
- Kinh nghiệm phong phú với đa dạng loài động, thực vật như lợn, chuột, hổ và ong
Yêu cầu mẫu DNA
| Loại nền tảng | Loại mẫu | Lượng mẫu (Qubit®) | Độ tinh khiết |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq X Plus / NovaSeq6000 | DNA hệ gen | ≥ 200 ng | A260/280 = 1.8–2.0; Không phân hủy, không tạp nhiễm |
| DNA hệ gen (không PCR, không 350bp) | ≥ 5 μg | ||
| DNA hệ gen (không PCR, 350bp) | ≥ 1.2 μg | ||
| PacBio Sequel II – thư viện DNA CLR | DNA hệ gen trọng lượng phân tử cao (HMW) | ≥ 8 μg | A260/280 = 1.8–2.0; A260/230 = 1.5–2.6; *NC/QC = 0.95–3.00; Mảnh ≥ 40 kb |
| PacBio Revio/Sequel II/IIe – thư viện DNA HiFi | HMW Genomic DNA | ≥ 5 μg | Tương tự như trên; Mảnh ≥ 30 kb |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8 μg | A260/280 = 1.8–2.0; A260/230 = 1.5–2.6; Mảnh ≥ 30 kb |
NC/QC: Tỷ lệ nồng độ đo bằng NanoDrop / Qubit
Đặc điểm kỹ thuật: Giải trình tự & Phân tích
| Loại nền tảng | Illumina NovaSeq X Plus / NovaSeq6000 | PacBio Revio/Sequel II/IIe | Nanopore PromethION |
|---|---|---|---|
| Độ dài đọc | Paired-end 150 bp | Trung bình > 15 kb | Trung bình > 17 kb |
| Độ sâu khuyến nghị | SNP/InDel: ≥ 10× | SV: ≥ 20× | SV/CNV: ≥ 20× |
Nội dung phân tích
Phân tích tiêu chuẩn:
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu
- Tính toán tỷ lệ lỗi giải trình tự
- Lọc các đoạn đọc chứa adapter hoặc chất lượng thấp
- Căn chỉnh với hệ gen tham chiếu
- Thống kê độ phủ, độ sâu và tỷ lệ mapping
- Gọi SNP, chú thích và thống kê
Phân tích nâng cao:
- Gọi biến thể cấu trúc (SV), chú thích và thống kê
- Gọi biến thể số bản sao (CNV), chú thích và thống kê
Quy trình thực hiện dự án
Từ chuẩn bị mẫu, tạo thư viện, giải trình tự (ngắn và dài), kiểm soát chất lượng dữ liệu, đến phân tích tin sinh học – Novogene cung cấp các sản phẩm chất lượng cao và dịch vụ chuyên nghiệp. Mỗi bước đều được thực hiện theo tiêu chuẩn khoa học nghiêm ngặt và thiết kế tỉ mỉ nhằm đảm bảo kết quả nghiên cứu có độ tin cậy cao.
