Microbial De novo Sequencing

Giải trình tự De novo Vi sinh vật

Giải trình tự de novo có khả năng giải trình tự bộ gen của một loài mà không cần bất kỳ thông tin nào về bộ gen tham chiếu. Thông qua các phương pháp phân tích tin sinh học, trình tự sẽ được lắp ráp để thu được bản đồ trình tự bộ gen hoàn chỉnh của loài đó, từ đó thúc đẩy các nghiên cứu tiếp theo.

Phương pháp này đặc biệt hữu ích trong việc tạo bộ gen tham chiếu cho những loài còn ít được nghiên cứu. Việc sử dụng giải trình tự de novo để thu nhận thông tin bộ gen của vi sinh vật mở ra một hướng tiếp cận mới trong việc khám phá cấu trúc và chức năng di truyền, nghiên cứu nguồn gốc tiến hóa của quần thể vi sinh, cũng như phát triển các ứng dụng tiềm năng của các loài vi sinh vật phong phú này trong y học, bệnh học, nông nghiệp và môi trường.

Danh mục:

Dịch vụ Giải trình tự De novo Vi sinh vật

Novogene cung cấp dịch vụ giải trình tự de novo sử dụng cả hai nền tảng PacBio và Illumina, cho phép thiết kế chiến lược giải trình tự tối ưu, kết hợp giữa đoạn đọc ngắn (short reads) và dữ liệu đoạn đọc dài (long reads), nhằm tạo ra bộ lắp ráp toàn diện nhất cho bộ gen quan tâm của bạn.

Ứng dụng

Đối với nghiên cứu cá nhân:

  • Nghiên cứu độc lực
  • Cơ chế kháng thuốc
  • Dấu ấn phân tử
  • Phát triển vắc xin

Đối với nghiên cứu quần thể:

  • Mối quan hệ tiến hóa
  • Kích thước quần thể
  • Dịch tễ học
  • Tiến hóa vi sinh vật

Lợi ích

  • Kinh nghiệm phong phú: Đã hoàn thành nhiều dự án giải trình tự De novo vi sinh vật, với hơn 20 bài báo được công bố trên các tạp chí khoa học hàng đầu.
  • Năng lực giải trình tự lớn nhất thế giới: Novogene sở hữu hệ thống giải trình tự Illumina và PacBio lớn nhất toàn cầu, đảm bảo dữ liệu chất lượng cao, thời gian nhanh và chi phí hợp lý.
  • Khai thác dữ liệu chuyên sâu: Phân tích sâu về biến dị cá thể và lịch sử tiến hóa của quần thể, giúp giải quyết các câu hỏi sinh học phức tạp.
  • Độ chính xác cao: Tạo trình tự tham chiếu chính xác, kể cả với các bộ gen phức tạp hoặc đa bội.

Yêu cầu mẫu DNA

Nền tảng Loại mẫu Lượng (Qubit®) Độ tinh khiết
Illumina NovaSeq 6000 DNA Genomic ≥ 200 ng A260/280 = 1.8-2.0; không phân hủy, không ô nhiễm
PacBio Sequel IIe – DNA CLR (Vi khuẩn & Nấm) HMW DNA ≥ 5 μg (≥ 70 ng/μL) A260/280 = 1.7-2.0; A260/230 = 1.3-2.6; NC/QC = 0.95-3.00; mảnh ≥ 20 kb
PacBio Sequel IIe – DNA HiFi (Nấm) HMW DNA ≥ 8 μg (≥ 70 ng/μL) Như trên; NC/QC = 1.0-2.2
Nanopore PromethION (Vi khuẩn & Nấm) HMW DNA ≥ 6 μg (≥ 60 ng/μL) A260/280 = 1.7-2.2; A260/230 = 1.3-2.6; NC/QC = 0.95-3.00; mảnh ≥ 20 kb

*NC/QC: Nồng độ NanoDrop / Qubit

Quy trình

Animal and Plant Whole Genome Sequencing

Bước đầu tiên trong quy trình dự án là kiểm tra chất lượng mẫu (Sample QC) nhằm đảm bảo rằng các mẫu của bạn đáp ứng các tiêu chí cần thiết cho giải trình tự de novo vi sinh vật.
Sau đó, thư viện thích hợp sẽ được chuẩn bị tùy theo sinh vật mục tiêu và mục đích nghiên cứu, và tiếp theo là kiểm tra chất lượng thư viện (Library QC). Tiếp theo, mẫu được giải trình tự và dữ liệu thu được cũng sẽ được kiểm tra chất lượng (Data QC). Cuối cùng, các phân tích tin sinh học sẽ được thực hiện và kết quả sẵn sàng để công bố sẽ được cung cấp.

GeneSmart tự hào là đơn vị tiên phòng đầu tiên tại Việt Nam cung cấp giải pháp:

1. Giải trình tự tế bào đơn (SINGLE-CELL SEQUENCING);

2. Chuẩn bị mẫu tự động (AUTOMATED LIQUID HANDLING);

3. Xét nghiệm và chẩn đoán bệnh nhiễm (DIAGNOSIS OF INFECTIOUS DISEASE);

4. Sinh chiết lỏng (LIQUID BIOPSY)

5. Giải phẫu bệnh sinh học phân tử (MOLECULAR PATHOLOGY)

6. Nghiên cứu ung thư (CANCER RESEARCH)

7. Nghiên cứu miễn dịch (IMMUNOLOGY)

8. Khoa học hình sự (FORENSIC)

9. Trữ mẫu sinh học (Ngân hàng sinh học, BIOBANKING)

-----------------------

CÔNG TY TNHH KHOA HỌC CÔNG NGHỆ GENESMART (MST: 0315672982)

Địa chỉ: 65-67 Đường Số 5 - Cư xá Bình Thới, Phường 8, Quận 11, Thành phố Hồ Chí Minh.

Hotline: +84 947 528 778 | Website: https://genesmart.vn/

Email: [email protected] hoặc [email protected]

Download Flyer

Sản phẩm tương tự

Menu Ẩn
Search Icon