Giải trình tự toàn bộ hệ gen vi sinh vật, động vật và thực vật (WGS)
So với các phương pháp truyền thống như PCR, giải trình tự toàn bộ hệ gen (WGS) không yêu cầu các bước nhân dòng và định vị gen phức tạp, do đó giúp tiết kiệm đáng kể thời gian và chi phí. Bên cạnh đó, kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới với năng suất cao này còn cho phép phân tích đồng thời nhiều mẫu thông qua công nghệ gắn mã định danh (multiplexing).
Ứng dụng
- Phát hiện các biến thể trong hệ gen mục tiêu
- Giải thích sự khác biệt về đặc điểm giữa các chủng/sinh vật
- Thực hiện nghiên cứu tiến hóa quy mô lớn
- Hỗ trợ nghiên cứu sơ bộ trong việc nhận diện loài mới
Lợi ích nổi bật
- Kinh nghiệm phong phú: Chúng tôi đã thực hiện thành công nhiều dự án quy mô lớn trong các lĩnh vực đa dạng như vi khuẩn gây bệnh, probiotic, nấm ăn, chủng vi sinh y học và công nghiệp.
- Dịch vụ chuyên nghiệp: Từ lựa chọn mẫu, xây dựng thư viện, giải trình tự đến phân tích dữ liệu, mỗi bước đều được thiết kế khoa học và thực hiện cẩn trọng nhằm đảm bảo kết quả nghiên cứu chất lượng cao.
- Phân tích toàn diện: Phát hiện và phân tích SNP, InDel, SV cùng các đột biến khác trên hệ gen tham chiếu của vi sinh vật, phục vụ nghiên cứu tiến hóa loài, đặc điểm quần thể, áp lực chọn lọc, v.v. Cung cấp dịch vụ một cửa từ phân tích biến thể đến so sánh sự khác biệt.
- Kiểm soát chất lượng nghiêm ngặt: Chất lượng dữ liệu giải trình tự được đảm bảo thông qua bước kiểm tra mẫu đầu vào.
- Chuẩn bị thư viện chất lượng cao: Tối ưu hóa kích thước đoạn chèn bằng cách tinh lọc kích thước thư viện giúp nâng cao chất lượng dữ liệu đầu ra.
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu mẫu DNA
| Loại thư viện | Loại mẫu | Lượng DNA (Qubit) | Thể tích | Nồng độ | Độ tinh khiết (NanoDrop/Gel agarose) |
|---|---|---|---|---|---|
| Thư viện hệ gen toàn bộ vi sinh vật (350bp) | DNA hệ gen | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | A260/280 = 1.8–2.0; không suy thoái, không nhiễm |
| Thư viện hệ gen toàn bộ vi sinh vật (PCR-free, 350bp) | DNA hệ gen | ≥ 1.2 μg | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | — |
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự và phân tích dữ liệu
| Hệ nền | Độ dài đọc | Độ sâu đề xuất |
|---|---|---|
| Illumina NovaSeq 6000 | Paired-end 150 bp | ≥ 100× cho vi khuẩn; ≥ 50× cho nấm |
Phân tích dữ liệu chuẩn bao gồm:
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu: loại bỏ đoạn đọc chứa adapter hoặc chất lượng thấp
- Căn chỉnh với hệ gen tham chiếu, thống kê độ sâu và độ bao phủ
- Phát hiện và chú thích SNP/InDel
- Phát hiện và chú thích CNV
- Phát hiện và chú thích SV
Quy trình thực hiện dự án
- Kiểm tra chất lượng mẫu (Sample QC)
- Chuẩn bị thư viện DNA phù hợp với loại sinh vật mục tiêu, kiểm tra chất lượng thư viện (Library QC)
- Tiến hành giải trình tự bằng công nghệ Illumina PE150 (paired-end 150 bp)
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu (Data QC)
- Phân tích tin sinh học và cung cấp kết quả sẵn sàng cho công bố khoa học
Quy trình cụ thể:
DNA hệ gen được phân mảnh thành đoạn 350 bp, tinh lọc kích thước bằng hạt từ, sau đó được xử lý các đầu, gắn đuôi A, nối với adapter toàn chiều dài. Mẫu sẽ được giải trình tự bằng công nghệ Illumina PE150 và phân tích tin sinh học để đưa ra kết quả cuối cùng.
