Chuẩn bị thư viện tuần tự RNA dài không mã hóa (lncRNA-seq) hiện đại của Novogene cho phép làm giàu thông tin và phân tích biểu hiện gen đối với cả các bản phiên mã mã hóa và không mã hóa từ góc độ phiên mã học có độ nhạy cao. Thông qua việc ứng dụng các phân tích tin sinh học, hướng sợi và mối liên hệ điều hòa giữa lncRNA và mRNA mục tiêu có thể được khảo sát — tất cả chỉ trong một lần chạy.
Ứng dụng
LncRNA-seq đang mở ra những khả năng nghiên cứu mới đầy hứa hẹn, bao gồm:
- Lập hồ sơ các bản phiên mã đã biết và mới, đồng thời xác định các biến thể
- Dự đoán các gen đích của lncRNA
- Xác định các dấu ấn sinh học để chẩn đoán và phân loại ung thư/bệnh
- Khám phá các mối liên hệ điều hòa giữa lncRNA và mRNA
Lợi ích
Dịch vụ lncRNA-seq của Novogene cung cấp hiệu suất cao và độ chính xác vượt trội (với chỉ số Q30 ≥ 85%) cùng với yêu cầu lượng RNA đầu vào thấp. Novogene có kinh nghiệm phong phú trong việc cung cấp dịch vụ RNA-Seq, đã hoàn thành thành công hàng nghìn dự án và hỗ trợ nhiều nhà nghiên cứu công bố trên các tạp chí có chỉ số ảnh hưởng cao.
Novogene cung cấp các giải pháp trọn gói cho việc nhận diện lncRNA, định lượng, phân tích biểu hiện vi sai, phân tích làm giàu, dự đoán gen mới và dự đoán đích. Các chuyên gia tin sinh học trình độ cao sẽ cung cấp kết quả phân tích sẵn sàng để công bố, sử dụng các pipeline được cá nhân hóa.
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu đối với mẫu RNA
| Library Type | Sample Type | Amount | RNA Integrity Number (Agilent 2100) | Purity (NanoDrop) |
| lncRNA Library | Total RNA | ≥ 500 ng | Animal ≥ 6.5, Plant ≥ 6, with smooth baseline |
A260/280 = 1.8-2.2 A260/230 ≥ 1.8 |
| Exosomal lncRNA Library | Exosomal RNA | ≥ 5 ng | Peak between 25-200 nt, FU> 10, no peak > 2000 nt |
|
| Dual RNA library | Total RNA | ≥ 1 μg | ≥ 6.5, with flat base line |
Thông số kỹ thuật: Trình tự hóa và Phân tích
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq 6000 |
| Recommended Data Output | ≥ 40 million read pairs per sample |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 40 million read pairs per sample for species with reference genome |
| Standard Data Analysis | Data Quality Control
Structural Analysis (Alternative Splicing & Variation Calling) lncRNA Identification & Annotation Expression Quantification & Differential Expression Profiling Functional Enrichment Analysis Protein-Protein Interaction (PPI) analysis lncRNA Target Gene Prediction |
Quy trình thực hiện dự án
Quy trình của lncRNA-seq bắt đầu từ bước chuẩn bị mẫu và kiểm tra chất lượng. Ribosomal RNA (rRNA) sẽ được loại bỏ để làm giàu các bản phiên mã mục tiêu. RNA sau khi được phân mảnh sẽ trải qua quá trình phiên mã ngược để tạo thành cDNA. Các thư viện đặc hiệu theo hướng (strand-specific libraries, còn gọi là thư viện có định hướng hoặc thư viện định chiều) sẽ được chuẩn bị, và quá trình giải trình tự được thực hiện bằng chiến lược đọc đôi 150 bp (paired-end 150bp) trên nền tảng Illumina.
Các bước xử lý dữ liệu tiếp theo sẽ được thực hiện theo pipeline chuẩn của Novogene, đảm bảo kết quả có chất lượng cao nhất. Ngoài ra, các giải pháp phân tích tin sinh học tùy chỉnh cũng sẵn sàng cung cấp theo yêu cầu.
