Giải trình tự mRNA (mRNA-seq) tại Novogene
Tại Novogene, thư viện cDNA được giải trình tự bằng các nền tảng Illumina NovaSeq hiện đại, sử dụng chiến lược giải trình tự hai đầu (paired-end) với độ dài đọc 150 bp (short-reads). Nhờ kinh nghiệm dày dặn và năng lực giải trình tự mạnh mẽ, Novogene cung cấp các dịch vụ đáp ứng đa dạng mục tiêu nghiên cứu.
Bên cạnh dịch vụ giải trình tự mRNA của sinh vật nhân thực (eukaryotic mRNA-seq), Novogene còn cung cấp dữ liệu về phiên mã ở sinh vật nhân sơ (prokaryotic transcripts), RNA không mã hóa (non-coding RNAs), các isoform đầy đủ chiều dài (long-reads), toàn bộ transcriptome và meta-transcriptome.
Ứng dụng
mRNA-seq là công cụ mạnh mẽ để phân tích hồ sơ biểu hiện gene (transcriptome) của tế bào. Các dịch vụ chuyên nghiệp của Novogene hỗ trợ mục tiêu nghiên cứu trong nhiều lĩnh vực, bao gồm:
- Định lượng biểu hiện gene giữa các mô hoặc mẫu khác nhau, dưới các điều kiện và xử lý khác nhau
- Phát hiện transcript mới, hiện tượng nối exon thay thế (alternative splicing) và các biến thể transcript
- Nghiên cứu cơ chế phát triển và kháng thuốc, thông qua các transcript đặc hiệu mô hoặc theo thời gian
- Tìm kiếm biomarker dựa trên các transcript/isoform mới, xác định SNP/InDel, và phân tích gene hợp nhất (fusion genes)
- Phân tích omics tích hợp với transcriptome
- Điều tra cơ chế gây bệnh và phân nhóm lâm sàng, hỗ trợ chẩn đoán bệnh
Lợi ích
Dịch vụ mRNA-seq của Novogene mang lại:
- Hiệu suất cao, độ chính xác cao (với chỉ số chất lượng Q30 ≥ 85%)
- Lượng RNA đầu vào thấp, phù hợp với mẫu khó
- Kinh nghiệm dày dạn: đã thực hiện hàng ngàn dự án RNA-Seq, hỗ trợ nhiều nhà nghiên cứu công bố trên các tạp chí có chỉ số ảnh hưởng cao
Novogene cung cấp giải pháp trọn gói cho:
- Định lượng và phân tích biểu hiện gene vi sai
- Chú thích transcript mới
- Phân tích nối exon thay thế, phát hiện gene hợp nhất và các biến thể khác
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu đối với mẫu
| Library Type | Sample Type | Amount | RNA Integrity Number (Agilent 2100) | Purity (NanoDrop) |
| Eukaryotic RNA-Seq (cDNA library) | Total RNA | ≥ 200 ng | ≥ 4.0, with smooth base line | A260/280 = 1.8-2.2 A260/230 ≥ 1.8 |
| Total RNA (Blood) | ≥ 400 ng | ≥ 5.8, with smooth base line | ||
| Amplified cDNA (double-stranded) | ≥ 100 ng | Fragments between 400bp and 5000bp with main peak at ~2000bp | A260/280 = 1.8-2.0 A260/230 ≥ 1.8 |
|
| Eukaryotic RNA-Seq (strand specific library) | Total RNA | ≥ 400 ng | ≥ 5.8, with smooth base line | A260/280 = 1.8-2.2 A260/230 ≥ 1.8 |
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự và Phân tích
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq 6000 Sequencing System |
| Read Length | Paired-end 150 bp |
| Data Output | ≥ 20 million read pairs per sample for species with reference genome
≥ 50 million read pairs per sample for species without reference genome (de novo transcriptome assembly projects) |
| Data Analysis Capability | Data Quality Control
Gene expression quantification Differential expression profiling Functional enrichment analysis Novel transcripts identification SNP & InDel analysis Alternative splicing (AS) analysis Fusion gene prediction Protein-Protein Interaction (PPI) analysis Transcription factors and oncogene functional annotation |
Quy trình Dự án
Quy trình dự án bắt đầu bằng bước kiểm tra chất lượng mẫu (Sample QC) nhằm đảm bảo rằng mẫu của bạn đáp ứng các tiêu chí cần thiết cho kỹ thuật RNA-Seq. Sau đó, thư viện giải trình tự phù hợp sẽ được chuẩn bị dựa trên loài sinh vật mục tiêu và mục đích nghiên cứu, tiếp theo là kiểm tra chất lượng thư viện (Library QC).
Tiếp theo, mẫu sẽ được giải trình tự bằng công nghệ paired-end 150 bp (PE150), và dữ liệu thu được cũng sẽ được kiểm tra chất lượng (Data QC). Cuối cùng, các phân tích tin sinh học được thực hiện và kết quả sẵn sàng cho công bố sẽ được cung cấp. Sơ đồ dưới đây mô tả chi tiết các bước trong quy trình mRNA-seq của chúng tôi.
Sau bước chuẩn bị mẫu là giai đoạn chuẩn bị thư viện RNA, được thực hiện thông qua bắt giữ polyA (hoặc loại bỏ rRNA) và phiên mã ngược tạo cDNA. Mẫu sau đó được giải trình tự bằng công nghệ Illumina PE150, và giai đoạn cuối cùng là phân tích tin sinh học.
