Giải trình tự RNA trực tiếp sử dụng công nghệ Nanopore
Phương pháp này được hỗ trợ bởi công nghệ Nanopore, cho phép thu nhận toàn bộ transcript từ vùng 5’ UTR đến đuôi poly-A 3’ một cách trực tiếp, từ đó giúp các nhà nghiên cứu ghi nhận cấu trúc thực tế của RNA, chiều dài đuôi poly-A, và các biến đổi sau phiên mã như 5-methylcytosine (5mC) và N6-methyladenosine (m6A).
Khả năng phát hiện các sửa đổi sau phiên mã mở ra những hướng nghiên cứu mới trong sinh học RNA, đặc biệt là trong việc tìm hiểu các yếu tố điều hòa và động lực học chức năng của transcriptome.
Ứng dụng
- Nghiên cứu vai trò của các sửa đổi RNA trong cơ chế điều hòa gen và các bệnh lý.
- Ước lượng chiều dài đuôi poly-A để nghiên cứu cơ chế điều hòa biểu hiện gen sau phiên mã như: hiệu quả dịch mã, độ ổn định của RNA, phản ứng tế bào và rối loạn liên quan đến bệnh.
- Xác định các isoform mới, phục vụ cho nghiên cứu về cắt nối thay thế, đa hình đuôi poly-A và chỉnh sửa RNA, từ đó làm sáng tỏ độ phức tạp của biểu hiện gen.
- Lập hồ sơ biểu hiện transcript ở các mô, điều kiện hoặc xử lý khác nhau, hỗ trợ nghiên cứu cơ chế điều hòa gen.
Lợi ích
- Giải trình tự RNA gốc (Native RNA sequencing): Tránh các sai số gây ra trong quá trình phiên mã ngược hoặc nhân bản, mang lại kết quả chính xác hơn.
- Phát hiện trực tiếp các sửa đổi RNA: Nhận diện các sửa đổi quan trọng như methyl hóa, đóng vai trò lớn trong điều hòa gen.
- Giải trình tự đọc dài (Long-read): Cung cấp các đoạn RNA toàn chiều dài, cho phép khám phá các isoform mới và phân tích chi tiết các biến thể transcript.
- Lập hồ sơ transcriptome toàn diện: Hiểu rõ hơn về transcriptome phức tạp, hỗ trợ nghiên cứu về cơ chế bệnh học, biểu hiện gen và sinh học RNA.
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu mẫu RNA
| Loại thư viện | Loại mẫu | Lượng mẫu yêu cầu* | RIN (RNA Integrity Number – Agilent 2100) | Độ tinh khiết (NanoDrop) |
|---|---|---|---|---|
| Thư viện RNA trực tiếp Nanopore | RNA tổng số (Động vật) | ≥ 20 μg | ≥ 6.5, đường nền mượt | A260/280 = 1.8–2.2 A260/230 = 1.3–2.5 |
| RNA tổng số (Thực vật & Nấm) | ≥ 50 μg | ≥ 6.5, đường nền mượt | A260/280 = 1.8–2.2 A260/230 = 1.3–2.5 |
*Nguyên liệu đầu vào là RNA tổng số trước khi làm giàu poly(A).
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự và Phân tích
| Sequencing Platform | Nanopore PromethION |
| Sequencing depth | 10M~20M reads/sample (1 PromethION cell/ sample) |
| Customized Data Analysis | Full-length transcripts identification and classification
Transcript structure analysis Alternative splicing Novel gene/ Novel transcript prediction and annotation Transcription factor analysis LncRNA prediction Quantification analysis Quantification analysis Differential gene expression analysis GO/KEGG enrichment analysis of differentially expressed genes RNA modification analysis Detection of methylation sites and motif analysis (5mC/ m6A) KEGG/GO enrichment analysis Differential methylation site analysis Poly(A) analysis |
Novogene cung cấp các sản phẩm chất lượng cao và dịch vụ chuyên nghiệp trong toàn bộ quy trình thực hiện dự án. Mỗi bước đều được thiết kế và thực hiện cẩn thận nhằm đáp ứng các tiêu chuẩn khoa học nghiêm ngặt, đảm bảo mang lại kết quả nghiên cứu xuất sắc.
Để đảm bảo độ chính xác và độ tin cậy của dữ liệu giải trình tự, các biện pháp kiểm soát chất lượng (QC) nghiêm ngặt được áp dụng tại từng giai đoạn của quy trình. Quy trình này bao gồm các bước then chốt như:
- Chuẩn bị và định lượng mẫu
- Phân mảnh và xây dựng thư viện
- Kiểm tra chất lượng thư viện
- Giải trình tự
- Phân tích tin sinh học
