Giải trình tự RNA sinh vật nhân sơ (Prokaryotic RNA Sequencing)
Giải trình tự RNA sinh vật nhân sơ phân tích toàn bộ transcriptome thông qua thư viện RNA định hướng (stranded RNA library), giúp ước lượng chính xác hơn mức độ biểu hiện transcript, từ đó mang lại hiểu biết sâu sắc về hoạt động phiên mã và điều hòa gen ở vi khuẩn và các sinh vật nhân sơ khác.
Ứng dụng
- Lập hồ sơ transcript ở vi khuẩn và các sinh vật nhân sơ khác
- Dự đoán cấu trúc gen như operon, vị trí bắt đầu phiên mã (TSS), vùng khởi động (promoter), và vùng không dịch mã (UTR)
- Khám phá cơ chế điều hòa RNA thông qua dự đoán transcript antisense và phân tích RNA nhỏ (sRNA)
Lợi ích
- Novogene sử dụng phương pháp loại bỏ rRNA hiệu quả để xây dựng thư viện RNA cho sinh vật nhân sơ, thích ứng với nhiều loài sinh vật khác nhau.
- Ngoài việc định lượng biểu hiện gen, gói phân tích chuẩn còn bao gồm phân tích cấu trúc gen và chức năng gen. Ngoài ra, phân tích tùy chỉnh cũng có thể được thiết kế để phù hợp với mục tiêu nghiên cứu của từng dự án RNA nhân sơ.
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu mẫu RNA
| Loại thư viện | Loại mẫu | Lượng RNA yêu cầu | Chỉ số toàn vẹn RNA (RIN) | Độ tinh khiết (NanoDrop) |
|---|---|---|---|---|
| Thư viện RNA sinh vật nhân sơ | RNA tổng số (Total RNA) | ≥ 500 ng | ≥ 6.0, đường nền mượt | A260/280 ≥ 2.0; A260/230 ≥ 2.0 |
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự và Phân tích
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq 6000 Sequencing System |
| Read Length | Paired-end 150bp |
| Recommended Data Amount | ≥ 2Gb raw data per sample for the species with reference genome |
| Content of Data Analysis | Data Quality Control
Alignment to Reference Genome Gene Expression Analysis Novel Transcript Prediction Gene expression quantification & Differential expression analysis Enrichment Analysis Operon, Promoter and TSS/TTS Prediction SD Sequence Prediction Rho-independent Terminator Sequence Prediction sRNA Secondary Structure Prediction sRNA Targeted Gene Prediction |
Quy trình Dự án
Bước đầu tiên trong quy trình là kiểm tra chất lượng mẫu (Sample QC) nhằm đảm bảo rằng mẫu đáp ứng các tiêu chí cần thiết cho kỹ thuật RNA-Seq. Sau đó, thư viện giải trình tự sẽ được xây dựng phù hợp với sinh vật mục tiêu và tiếp tục được kiểm tra chất lượng thư viện (Library QC).
Tiếp theo, mẫu sẽ được tiến hành giải trình tự bằng chiến lược paired-end 150 bp, và dữ liệu thu được sẽ trải qua bước kiểm tra chất lượng dữ liệu (Data QC) để đảm bảo độ tin cậy và chính xác. Cuối cùng, phân tích tin sinh học được thực hiện, cung cấp kết quả đạt chuẩn công bố khoa học cho người nghiên cứu.
