Giải trình tự Iso-Seq có thể được khai thác triệt để cho các mục đích nghiên cứu y học và nông nghiệp, bao gồm: điều tra cơ chế bệnh học, khám phá cơ chế kháng thuốc, phát hiện gen mới, cũng như nghiên cứu phát triển thực vật và phản ứng với stress sinh học và phi sinh học.
Ứng dụng
- Nghiên cứu cơ chế gây bệnh
- Phát hiện các bản phiên mã được nối exon khác nhau (alternative splicing) như là các dấu ấn sinh học tiềm năng
- Khám phá cơ chế kháng thuốc
- Nhận diện các gen và bản phiên mã mới
- Cải thiện chú thích hệ gen nhằm xác định chính xác các vùng mã hóa, yếu tố điều hòa và yếu tố cấu trúc của gen
- Hiểu rõ hơn về sự phát triển của thực vật dưới tác động của các yếu tố môi trường
- Phát hiện các isoform mới phát sinh từ hiện tượng nối exon thay thế
Lợi ích
- Năng lực giải trình tự hàng đầu, dữ liệu chất lượng cao, thời gian trả kết quả nhanh và chi phí hợp lý
- Pipeline phân tích đã được phát triển toàn diện, có khả năng phát hiện các transcript mới, phân tích biểu hiện khác biệt và chú thích chức năng
- Khả năng tối ưu hóa quy trình giải trình tự, vượt qua tiêu chuẩn về độ dài đọc và sản lượng của PacBio
Bộ kit Kinnex Full-length RNA
Các bộ kit Kinnex dựa trên phương pháp MAS-Seq, kết hợp các đoạn amplicon nhỏ thành các thư viện phân mảnh lớn hơn để tăng thông lượng.
Novogene sử dụng bộ kit Kinnex full-length RNA cùng với hệ thống PacBio Revio trong pipeline giải trình tự isoform để tăng cường thông lượng, cho phép thực hiện các nghiên cứu quy mô lớn với độ phân giải mà các kỹ thuật RNA đọc ngắn không thể đạt được.
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu mẫu RNA
| Loại thư viện | Loại mẫu | Lượng mẫu tối thiểu | Nồng độ | RIN (Agilent 2100) | Độ tinh khiết (NanoDrop™/Agarose Gel) |
|---|---|---|---|---|---|
| Thư viện RNA toàn chiều dài PacBio Kinnex | RNA tổng số | ≥ 600 ng | ≥ 40 ng/μL | ≥ 6.5 | A260/280 = 1.8–2.2; A260/230 = 1.3–2.5; NC/QC ≤ 2 |
NC/QC: Tỷ lệ giữa nồng độ NanoDrop và nồng độ Qubit
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự và Phân tích
| Platform | PacBio Revio |
| Library Type | Kinnex full-length RNA library |
| Recommended data amount | 5M/ 10M HiFi reads per sample |
| Content of analysis | Data QC
Function Annotation With reference genome Structure analysis Alternative splicing Alternative polyadenylation Novel gene/ Novel transcript prediction and annotation Transcription factor analysis LncRNA prediction Fusion transcript analysis Without reference genome Structure analysis Prediction of coding sequences Transcription factor analysis SSR analysis LncRNA prediction Quantification analysis is available without the aid of short-read mRNA-seq when choosing 10M HiFi reads with Kinnex full-length RNA library. Gene/ Transcript expression level analysis Differentially expressed gene/ transcript analysis (Transcript analysis can only be conducted when a reference genome is available.) |
Quy trình Dự án (Project Workflow)
Novogene cung cấp các sản phẩm chất lượng cao và dịch vụ chuyên nghiệp xuyên suốt toàn bộ quy trình dự án. Mỗi bước trong quy trình đều được thiết kế và thực hiện một cách cẩn trọng nhằm đáp ứng các tiêu chuẩn khoa học nghiêm ngặt, đảm bảo kết quả nghiên cứu đạt chất lượng xuất sắc.
