Việc tích hợp công nghệ giải trình tự đọc dài vào các xét nghiệm đơn bào đã giải quyết được những hạn chế vốn có trong các phương pháp giải trình tự đọc ngắn truyền thống.
Sự tích hợp này mang lại những hiểu biết sâu sắc về các cơ chế phân tử, cho phép xác định các biến thể cấu trúc phức tạp, phân tích toàn diện các sự kiện cắt nối thay thế (alternative splicing) của toàn bộ phiên mã, cũng như biểu hiện các isoform mRNA đặc trưng cho từng loại tế bào ở cấp độ đơn bào.
Ứng dụng
- Phân tích biểu hiện gen ở cấp độ isoform của các bản sao RNA.
- Phân tích các isoform khác nhau, cắt nối thay thế, gen hợp nhất, v.v.
- Đặc trưng hóa các isoform phiên mã liên quan đến sức khỏe, phát triển và bệnh lý ở cấp độ tế bào đơn.
* Chỉ chấp nhận tại các khu vực AMEA (Châu Á – Thái Bình Dương, Trung Đông và Châu Phi)
Yêu cầu mẫu
| Loại mẫu | Lượng mẫu | Nồng độ | Khác | Bảo quản |
|---|---|---|---|---|
| Huyền phù tế bào đơn * | ≥ 1.000.000 tế bào | ≥ 500.000 tế bào/mL | Độ sống tế bào: >80% | |
| Kích thước tế bào: <30 μm | – | |||
| cDNA từ 10x GEM | ≥ 50 ng | ≥ 2 ng/μL | Kích thước peak: 1–1.8 kb | < 2 tháng ở -20℃/-80℃ |
* Để biết thêm chi tiết về yêu cầu mẫu, vui lòng liên hệ bộ phận kinh doanh tại địa phương.
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự và Phân tích
| Sequence platform | Nanopore PromethION | llumina NovaSeq PE150 |
| Comparison | Full length long reads
Get the full-length information of mRNA Analyze different mRNA isoform, alternative splicing, fusion genes, etc. |
3’ to 5’ short reads
Gene expression information only Impossible to analyze the differences in the isoform of transcripts between cells |
| Read length | Median read length: ~700-1000bp | Paired-end 150bp |
| Recommended Data Output |
1 PromethION cell ~ 100 M total reads/cell |
50,000 pair reads/cell 100 -120Gb |
| Data QC Standard Analysis |
Wf-single-cell
Data QC Identify the cell barcode and UMI sequences present in Nanopore sequencing reads Summary metrics (read quality, number of cells, genes and transcripts identified within each sample, median genes per cell, and sequence saturation) UMAP projections |
Cell Ranger
Demultiplex BCL files from a sequencer into FASTQs Summary metrics (sequencing quality, number of cells detected, the mean reads per cell, and the median genes detected per cell et al.) Alignment of reads to genome Gene expression quantification Clustering analysis Differentially expression analysis between clusters Visualization |
| Standard Analysis | Data QC
Mapping and Quantification Dimensionality reduction, clustering, and differential analysis Base on gene GO/KEGG/Reactome Enrichment Analysis Alternative Splicing |
Demultiplex BCL files from a sequencer into FASTQs
Alignment, UMI counting, Metrics summary Identification of highly variable gene (HVGs) Cell Subpopulation Identification Marker gene detection (Differentially expression analysis between clusters) GO/KEGG/Reactome Enrichment |
Quy trình thực hiện dự án
Từ bước chuẩn bị mẫu, chuẩn bị thư viện, giải trình tự và kiểm tra chất lượng dữ liệu, đến phân tích tin sinh học, Novogene cung cấp các sản phẩm chất lượng cao và dịch vụ chuyên nghiệp. Mỗi bước đều được thực hiện theo tiêu chuẩn khoa học nghiêm ngặt và thiết kế tỉ mỉ nhằm đảm bảo kết quả nghiên cứu có độ tin cậy và chất lượng cao.
