Phá vỡ rào cản từng cản trở phân tích không gian của biểu hiện gen trong các lát mô cố định bằng formalin và được nhúng paraffin (FFPE), và khám phá những hiểu biết tiềm ẩn trong mẫu của bạn với công nghệ Visium Spatial Gene Expression cho FFPE.
Bằng cách kết hợp các ưu điểm của kỹ thuật mô học với khả năng phân tích quy mô lớn và chuyên sâu của giải trình tự RNA trên các mẫu mô FFPE, Visium Spatial Gene Expression cho FFPE nâng cao phương pháp phân tích truyền thống do các nhà bệnh lý học thực hiện. Phân tích biểu hiện RNA trên toàn bộ các lát mô với độ phân giải cao, bao phủ hơn 18.000 gen trong các mẫu FFPE của người và chuột, để thu được cái nhìn không gian về các mô hình biểu hiện gen.
Visium HD mở ra kỷ nguyên mới của khám phá không gian, nâng cấp phân tích không gian toàn bộ bộ phiên mã với độ phân giải đến mức tế bào đơn, cho phép bao phủ mô liên tục và mang lại dữ liệu hàng đầu nhờ hóa học dựa trên đầu dò và quy trình làm việc tích hợp với thiết bị Visium CytAssist.
Ứng dụng
-
Nghiên cứu ung thư: Xây dựng bản đồ toàn diện ở cấp độ tế bào của các lát mô khối u FFPE, bao gồm cả dữ liệu so sánh từ Visium HD và Visium v2 trên mô lành lân cận, cung cấp hiểu biết về tính không đồng nhất của khối u và cơ chế né tránh miễn dịch.
-
Thần kinh học: Tạo các bản đồ biểu hiện gen có độ phân giải cao trong não, giúp hiểu được sự tổ chức không gian của các loại tế bào thần kinh và tế bào thần kinh đệm khác nhau.
-
Miễn dịch học: Bằng cách lập bản đồ phân bố không gian của các tế bào miễn dịch trong mô, các nhà nghiên cứu có thể nghiên cứu tương tác, di chuyển và vai trò của các tế bào miễn dịch trong đáp ứng miễn dịch.
Yêu cầu mẫu
| Loại mẫu | Lượng mẫu | Bảo quản | Kiểm tra chất lượng (QC) | Vận chuyển |
|---|---|---|---|---|
| Khối FFPE (khuyến nghị) | 1 khối; khối FFPE phải được đặt trong hộp nhựa khử nước, nếu không sẽ không thể gắn vào thiết bị cắt lát | Sau khi nhúng, bảo quản ở 4°C, tránh ánh sáng | DV200% ≥ 30% | 4°C hoặc nhiệt độ phòng |
| Lát mô FFPE | 5-10 lát FFPE (dày 10μm) trong ống để kiểm tra QC; 2-4 lát mô FFPE (dày 5μm) trên lam kính, dùng cho thư viện hóa* | Khô và được niêm kín, bảo quản ở 4°C trong vòng <14 ngày | DV200% ≥ 30% | 4°C hoặc nhiệt độ phòng |
* Lam kính FFPE phải là lam kính tích điện dương.
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự và Phân tích
| Visium CytAssist (V2) | Visium HD | |
| Species | Human or mouse | Human or mouse |
| Resolution | 55 um | 2 um (single cell level) |
| Sequencing platform | Novaseq6000 or NovaSeq X plus | Novaseq6000 or NovaSeq X plus |
| Read length | PE150 | PE150 |
| Recommended Data Amount | 25,000 read pairs/ tissue-covered spot~ 50 Gb/sample | Coverage Area x 275,000,000 read pairs~ 100 Gb/sample |
| Analysis | Data QC
Mapping and Quantification Dimensionality Reduction, Clustering, and Differential analysis: Graphclust clustering K-means clustering Seurat Analysis: PCA analysis Spatial variable gene expression analysis Clustering and dimensionality reduction analysis Differential Expression Gene Analysis (DEG) DEGs clustering heatmap Spatial distribution of DEGs Violine plot t-SNE and UMAP dimensional reduction visualization Functional Enrichment Analysis: GO enrichment KEGG enrichment Reactome enrichment |
|
Quy trình thực hiện dự án
