Có thể tương tác với nhiều loại mô: Khả năng tương thích với cả mẫu mô FFPE và mẫu mô đông lạnh.

Phân tích toàn bộ lát mô: Không cần chọn lọc vùng quan tâm—phân tích toàn bộ thông tin phiên mã trên toàn lát mô.

Độ phân giải tế bào cao: đạt độ phân giải 1-10 tế bào trung bình ở một điểm, phụ thuộc vào từng loại mô.

Đa dạng trên nhiều loài khác nhau: Dữ liệu được thực hiện trên một loạt các cơ quan đa dạng trên các loài (người, chuột, chuột cống và nhiều loài khác).

Khả năng phát hiện protein đồng thời: Kết hợp phân tích thông tin không gian toàn bộ hệ phiên mã cùng với phương pháp xác định protein bằng miễn dịch huỳnh quang.

Phân tích dữ liệu liền mạch : Kết hợp phân tích dữ liệu hình thái và biểu hiện gen trên phần mềm thân thiện với người dùng.

Quy trình

1. Chuẩn bị mẫu

nhứng, cắt và đặt lát mô tươi hoặc mô FFPE lên trên vùng bắt giữ của lam kính Visium. Mỗi Vùng bắt giữ có hàng ngàn điểm có mã vạch chứa hàng triệu oligonucleotide chứa mã vạch không gian duy nhất cho điểm đó..

2. Nhuộm và chụp hình lát mô

Sử dụng phương pháp cố định và nhuộm thông thường, bao gồm nhuộm hematoxylin và eosin (H&E), để quan sát mẫu mô trên lam kính bằng cách sử dụng kính hiển vi nền sáng và nhuộm miễn dịch huỳnh quang (IF) để quan sát protein trên lát cắt mô bằng cách sử dụng kính hiển vi huỳnh quang.

3. Thẩm thấu mô và dựng thư viện giải trình tự

Đối với mẫu mô tươi lạnh, mẫu mô được thẩm thấu để giải phóng mRNA từ các tế bào, sau đó mRNA này sẽ liên kết với oligonucleotide được gắn với các mã vạch không gian có mặt trên các điểm. Phản ứng phiên mã ngược sẽ tạo ra cDNA từ mRNA. Các cDNA gắn mã vạch sau đó được kết hợp lại để xử lý tiếp theo để tạo ra một thư viện sẵn sàng cho việc giải trình tự. Đối với mẫu mô FFPE, mẫu mô được thẩm thấu để giải phóng các cặp mồi liên kết từ các tế bào, sau đó các cặp mồi liên kết này sẽ liên kết với oligonucleotide gắn với mã vạch không gian có mặt trên các điểm. Mã vạch không gian được thêm vào thông qua một phản ứng mở rộng. Các phân tử được gắn mã vạch sau đó được kết hợp lại để xử lý tiếp theo để tạo ra một thư viện sẵn sàng cho việc giải trình tự.

4. Giải trình tự

Thư viện đã gắn mã vạch 10x tương thích với các hệ thống giải trình tự đoạn ngắn NGS của Illumina.

5. Phân tích và trực quan hóa dữ liệu

Sử dụng phần mềm phân tích Space Ranger của chúng tôi để phân tích dữ liệu biểu hiện gen và protein không gian của bạn và khám phá kết quả một cách tương tác hơn với phần mềm trực quan hóa Loupe Browser.

(TÔI CÓ CẦN PHẢI LÀ MỘT CHUYÊN GIA TIN SINH HỌC ĐỂ SỬ DỤNG LOUPE KHÔNG? Loupe là một phần mềm đơn giản với giao diện point-and-click, bất cứ ai cũng có thể dễ dàng cài đặt và sử dụng.)

Câu hỏi thường gặp