Dịch vụ Giải Trình Tự Toàn Bộ Phiên Mã của Novogene cung cấp cho các nhà nghiên cứu các giải pháp giải trình tự thế hệ mới (NGS) tiên tiến, đi kèm với phân tích tin sinh học chuyên sâu về tất cả các loại RNA phiên mã, bao gồm cả mRNA và RNA không mã hóa (lncRNA, sRNA và circRNA). Bằng cách sử dụng phương pháp giải trình tự paired-end, chúng tôi có thể định lượng chính xác mức độ gene và phiên mã, xác định các biến thể ghép nối exon (splice variants) cũng như các đặc điểm mới của bộ phiên mã. Phương pháp cạnh tranh này giúp nghiên cứu và khám phá các cơ chế tiềm năng trong mạng lưới phiên mã và điều hòa, đồng thời cung cấp những hiểu biết quan trọng về chức năng tương tác từ góc nhìn toàn diện của transcriptome.
Ứng dụng
Giải trình tự toàn bộ phiên mã được ứng dụng trong các lĩnh vực sau:
- Phân tích đồng thời mRNA và ncRNA trong một lần chạy
- Khám phá miRNA sponge và các yếu tố điều hòa đích
- Nghiên cứu mạng lưới điều hòa giữa các cặp lncRNA/circRNA-miRNA-gen
Lợi ích
- Giải trình tự toàn bộ phiên mã cung cấp phân tích toàn diện hơn về mạng lưới điều hòa phiên mã so với từng phương pháp riêng lẻ như mRNA-seq, lncRNA-seq, sRNA-seq và circRNA-seq.
- Giúp các nhà nghiên cứu xác định biomarker (dấu ấn sinh học) trên phạm vi phiên mã rộng.
- Cho phép phát hiện cả các đặc điểm đã biết và mới.
- Cho phép lập hồ sơ transcriptome toàn diện trên quy mô động rộng.
Thông số kỹ thuật: Yêu cầu về mẫu RNA
| Loại thư viện | Loại mẫu | Lượng RNA | RNA Integrity Number (Agilent 2100) | Độ tinh khiết (NanoDrop) |
|---|---|---|---|---|
| Thư viện lncRNA & small RNA | RNA tổng số | ≥ 2.5 μg | Động vật ≥ 7.5, Thực vật ≥ 7, với baseline mượt | A260/280 = 1.8–2.2; A260/230 ≥ 1.8 |
| Thư viện lncRNA, small RNA & circRNA | RNA tổng số | ≥ 4.5 μg | Như trên | Như trên |
Thông số kỹ thuật: Giải trình tự và Phân tích
- Nền tảng giải trình tự: Hệ thống Giải trình tự Illumina NovaSeq 6000
- Chiều dài đoạn đọc: Paired-end 150bp cho thư viện lncRNA/circRNA; Single-end 50bp cho thư viện small RNA
- Lượng dữ liệu khuyến nghị: ≥ 40 triệu cặp đọc mỗi mẫu (thư viện lncRNA); 10–20 triệu lượt đọc mỗi mẫu (thư viện small RNA)
- Nội dung phân tích dữ liệu: Gói phân tích riêng cho từng loại ncRNA; Phân tích mạng lưới giữa các cặp: lncRNA vs miRNA, mRNA vs miRNA, circRNA vs miRNA, lncRNA-miRNA-mRNA, circRNA-miRNA-mRNA
Quy trình thực hiện dự án
Bước đầu tiên của quy trình là kiểm tra chất lượng mẫu (Sample QC) để đảm bảo mẫu đạt tiêu chuẩn cho kỹ thuật RNA-Seq. Sau đó, thư viện được chuẩn bị phù hợp với sinh vật mục tiêu và được kiểm tra chất lượng (Library QC). Tiếp theo, sử dụng chiến lược giải trình tự paired-end 150 bp cho thư viện lncRNA và circRNA, và single-end 50bp cho thư viện small RNA. Dữ liệu thu được sẽ được kiểm tra chất lượng (Data QC) để đảm bảo độ tin cậy. Cuối cùng, tiến hành phân tích tin sinh học và cung cấp kết quả sẵn sàng để công bố. Biểu đồ quy trình bên dưới mô tả từng bước thực hiện.
