- Cố định, gộp, và chạy sau: Tận dụng các quy trình cố định hiệu quả cho phép bạn thực hiện thí nghiệm theo lịch trình của mình, đơn giản hóa việc vận chuyển mẫu và tối ưu hóa quy trình làm việc.
- Phân tích mẫu tươi, đông lạnh và cố định: Dễ dàng phân tích các mẫu trước đây không thể tiếp cận, từ mẫu mô cố định (thậm chí cả FFPE) đến tế bào, nhân tế bào và các tế bào đã phân loại bằng FACS.
- Giảm chi phí cho mỗi mẫu: Gộp mẫu và thực hiện đa kênh để giảm chi phí cho mỗi mẫu lên đến 75%, giảm chi phí giải trình tự và tối đa hóa tài nguyên của bạn.
- Tính linh hoạt tối ưu trong thí nghiệm: Xử lý tới 1 triệu tế bào mỗi lần chạy, thay đổi dễ dàng số lượng mẫu và gộp mẫu, thu nhận protein cùng với biểu hiện gen.
- Hiệu suất hàng đầu: Sử dụng độ nhạy vượt trội để lập hồ sơ toàn bộ transcriptome ngay cả khi RNA bị hư hỏng hoặc gen biểu hiện thấp.
- Quy trình làm việc và phân tích đơn giản: Khám phá các hồ sơ biểu hiện gen với các quy trình dễ thực hiện và có thể tái lập kết quả qua những lần chạy, quản lý dữ liệu đơn giản và xử lý nhanh chóng.
Những gì bạn có thể làm
- Đơn giản hóa logistics vận chuyển mẫu và thiết lập lịch trình riêng của bạn: Việc cố định và lưu trữ mẫu cho phép tối ưu hóa và gộp mẫu linh hoạt, giảm thiểu sự biến đổi và duy trì chất lượng dữ liệu.
- Thu thập dữ liệu chất lượng cao từ các mẫu khó khăn, thậm chí cả FFPE:Thiết kế đầu dò tiên tiến cho phép tối ưu hóa hiệu suất, ngay cả với các mẫu mô toàn phần, mẫu FFPE và mẫu RNA bị phân mảnh.
- Mang công nghệ scRNA-seq hiệu quả về mặt chi phí cho nhiều mẫu hơn: Mở rộng phạm vi nghiên cứu tế bào đơn với chi phí giảm trên mỗi mẫu, giúp các thí nghiệm quy mô lớn trở nên khả thi.
- Tiến hành các thí nghiệm đa địa điểm dễ dàng: Quy trình thí nghiệm giúp bảo tồn sinh học của các mẫu quý giá với độ đáng tin cậy cao, cho phép nghiên cứu diễn ra trên phạm vi toàn cầu.
- Thu thập dữ liệu phù hợp với nhu cầu nghiên cứu của bạn: Sự linh hoạt trong xét nghiệm cho phép bạn thu thập protein cùng với biểu hiện gen, hoặc nhắm vào các RNA cụ thể với các cặp đầu dò do người dùng thiết kế để bổ sung cho toàn bộ panel hệ phiên mã
Quy trình làm việc
Cuộn để xem quy trình làm việc cơ bản cho Single Cell Gene Expression Flex. Người dùng có nhiều sự lựa chọn khác nhau bao gồm ghép kênh các mẫu khác nhau nhằm tăng thông lượng hoặc sử dụng công nghệ Feature Barcode để phát hiện protein bề mặt tế bào trong quy trình làm việc đơn hoặc đa kênh.
1. Thu thập mẫu
Bắt đầu với các tế bào, nhân hoặc toàn bộ mô tươi, đông lạnh hoặc cố định. Đối với các mẫu tươi, làm theo các thao tác được khuyến cáo bởi hãng trong quy trình chuẩn bị mẫu để thu được huyền phù tế bào đơn chất lượng cao (hoặc chuyển sang Bước 2 để cố định mô). Nếu có nhu cầu, nhuộm toàn bộ tế bào bằng công nghệ Feature Barcode để xác định đồng thời các protein bề mặt tế bào với biểu hiện gen.
(Đối với các mẫu FFPE, hãy tuân thủ Demonstrated Protocol cung cấp bởi hãng để phân tách mô FFPE thích hợp với giải pháp này. Sau khi phân tách, các mẫu có thể được bảo quản an toàn ở nhiệt độ 4°C trong tối đa 1 tuần hoặc –80°C trong tối đa 6 tháng . Nếu không lưu trữ các mẫu phân tách, bạn có thể chuyển trực tiếp sang Bước 3.)
2. Cố định và thẩm thấu mẫu
3. Tạo thư viện 10x
Lai mẫu dò với các mẫu đã cố định của bạn, sau đó tạo vi giọt tế bào đơn với thiết bị Chromium iX hoặc X. Sau các phản ứng liên kết và kéo dài, tạo thư viện mang 10x barcode. Trong mỗi vi giọt có kích thước nanoliter, các tế bào sẽ bắt cặp với mạch khuôn RNA sao cho các bản sao phiên mã từ mỗi tế bào đều sẽ mang cùng một 10x barcode riêng biệt. Đối với các quy trình đa kênh để tăng thông lượng, lai mẫu của bạn với các bộ dò, pool các mẫu lại với nhau và tiếp tục quy trình như bình thường—với tối đa 16 mẫu trong một hàng của chip Chromium. Trong trường hợp này, một loại barcode khác được gắn với mỗi bộ dò cho phép bạn gán từng phân tử trở lại mẫu gốc của nó.
(Nếu trước khi cố định mẫu, các tế bào nguyên vẹn đã được nhuộm bằng công nghệ Feature Barcode để xác định hồ sơ protein bề mặt tế bào, Thư viện Biểu hiện Protein có thể được tạo cùng với Thư viện Biểu hiện Gene.)
4. Giải trình tự
Các thư viện được gắn 10x barcode tương thích với trình tự đoạn đọc ngắn của Illumina, cho phép lập hồ sơ phiên mã quy mô lớn của hàng trăm nghìn tế bào riêng lẻ cùng lúc.
5. Phân tích và trực quan hóa dữ liệu
Sử dụng phần mềm phân tích Cell Ranger để lập hồ sơ biểu hiện gen cho mỗi tế bào, xác định các cụm tế bào có hồ sơ tương tự và tổng hợp dữ liệu từ nhiều mẫu. Khám phá kết quả một cách tương tác với phần mềm trực quan hóa Loupe Browser của chúng tôi.
(ĐẦU RA PIPELINE PHÂN TÍCH: Đầu ra bao gồm thông tin QC và các tệp có thể dễ dàng sử dụng để phân tích thêm trong phần mềm trực quan Loupe Browser hoặc các công cụ R hoặc Python của bên thứ ba.)
Câu hỏi thường gặp
Công nghệ Chromium Single Cell Gene Expression Flex cho phép bạn làm gì?
Nó cho phép lập hồ sơ toàn diện transcriptome (của người hoặc chuột) từ từng tế bào đơn bằng phương pháp sử dụng đầu dò. Việc bổ sung công nghệ Feature Barcode cho phép phân tích đồng thời biểu hiện protein trên bề mặt tế bào để có được những hiểu biết đa chiều về sinh học phức tạp. Phương pháp này cũng cho phép ghép mẫu để tăng thông lượng và hiệu quả quy trình.
Độ nhạy của Single Cell Gene Expression Flex so với Single Cell 3’ Gene Expression có sự khác biệt như thế nào?
Trong một nghiên cứu so sánh trực tiếp, phương pháp Single Cell Gene Expression Flex cho thấy độ nhạy gấp đôi so với phương pháp Single Cell 3’ Gene Expression.
Lợi ích của việc cố định mẫu là gì?
Việc cố định mẫu giúp bảo quản trạng thái tế bào, loại bỏ các giới hạn về thời gian có thể làm cho việc phân tích tế bào đơn trở nên khó khăn. Quy trình cố định cho phép vận chuyển các mẫu quý giá và/hoặc dễ vỡ từ điểm thu thập đến các trung tâm xử lý, chẳng hạn như các phòng thí nghiệm cốt lõi hoặc nhà cung cấp dịch vụ.
Việc cố định cũng cho phép tăng hiệu quả trong việc xử lý mẫu theo lô, giúp quy trình làm việc thuận tiện hơn và giảm sự biến thiên. Việc cố định có thể trung hòa các tác nhân truyền nhiễm, và sau khi bước này được xác nhận đúng cách, các mẫu có thể không cần phải xử lý trong phòng thí nghiệm BSL-3 nữa.
Những loại mẫu nào tương thích với Single Cell Gene Expression Flex?
Mẫu người và chuột đều tương thích với phương pháp này. Bắt đầu với một hỗn hợp tế bào đơn lẻ/nuclei tươi hoặc đông lạnh hoặc mô và thực hiện quy trình cố định cung cấp bởi hãng hoặc bắt đầu với mô FFPE và theo dõi Demonstrated Protocol hướng dẫn phân tách mẫu FFPE sử dụng với Single Cell Gene Expression Flex.
Những loại mẫu nào tương thích cho việc nghiên cứu protein bề mặt tế bào?
Các mẫu tươi từ người và chuột đều tương thích với nhu cầu này. Trước khi cố định, toàn bộ tế bào có thể được gắn nhãn với các kháng thể liên hợp oligonucleotide (sử dụng công nghệ Feature Barcode) để phân tích protein bề mặt tế bào cùng với biểu hiện gene.
Làm thế nào để phân tích dữ liệu tế bào đơn?
Cell Ranger bao gồm các pipeline phân tích sẽ tự động tạo hồ sơ biểu hiện gen cho từng tế bào và xác định các cụm tế bào có hồ sơ biểu hiện tương tự nhau. Sau đó, phần mềm trực quan hóa Loupe Browser có thể được sử dụng để khám phá kết quả một cách tương tác. Cả hai công cụ này đều có thể được tải xuống miễn phí từ trang hỗ trợ của website 10x Genomics, giúp người dùng phân tích dữ liệu 10x Genomics trên máy tính cá nhân.
