Tiết lộ hồ sơ biểu sinh, từng tế bào
Chromium Single Cell ATAC (Assay for Transposase Accessible Chromatin) cho phép bạn phân tích khả năng tiếp cận chromatin ở cấp độ tế bào đơn, tìm hiểu chuyên sâu về các loại và trạng thái tế bào cũng như hiểu biết sâu hơn về cơ chế điều hòa gen.
Quy trình làm việc
Chuẩn bị mẫu
Bắt đầu với huyền phù nhân được phân lập từ tế bào được nuôi cấy, tế bào sơ cấp hoặc mô tươi/ đông lạnh.
Tạo thư viện 10x
Bằng việc sử dụng các bộ kit thuốc thử và thiết bị Chromium tương thích của 10x Genomics thì vi giọt tế bào đơn được tạo ra mà trong mỗi vi giọt, quá trình phiên mã ngược diễn ra để tạo ra các cDNA mang chung một 10x barcode đến từ tế bào ban đầu của nó.
Giải trình tự
Thư viện ATAC-seq được gắn 10x barcode tương thích với trình tự đoạn đọc ngắn của Illumina, cho phép lập hồ sơ biểu sinh hàng nghìn tế bào đơn.
Phân tích dữ liệu
Cell Ranger ATAC được sử dụng tạo ra hồ sơ chromatin ở trạng thái mở cho từng tế bào, xác định các cụm tế bào có hồ sơ và peak calling tương tự, đồng thời có thể tích hợp dữ liệu từ nhiều mẫu khác nhau.
Trực quan hóa dữ liệu
Loupe Browser được sử dụng để khám phá kết quả của bạn một cách tương tác, thực hiện phân tích khả năng tiếp cận chromatin khác biệt giữa các tế bào, xác định các cụm được bổ sung thêm các motif mục tiêu và so sánh giữa các mẫu khác nhau.
