Nhận dạng tạp chất có trong mẫu bằng NanoDrop One

Tác giả : Brian Matlock, Thermo Fisher Scientific

Máy quang phổ UV-Vis NanoDrop™ One Microvolume của Thermo Scientific™ được thiết kế để giúp các nhà nghiên cứu thành công trong các ứng dụng tiếp theo bằng cách xác định chính xác nồng độ mẫu DNA, RNA và protein chỉ với 1-2 μL. Với công nghệ Thermo Scientific™ Acclaro™ Sample Intelligence mới, thiết bị NanoDrop One cung cấp thêm thông tin về chất lượng mẫu bằng cách nhận diện các tạp chất phổ biến và đưa ra nồng độ mẫu chính xác sau hiệu chỉnh. Dưới đây là câu trả lời cho các câu hỏi thường gặp về tính năng Nhận dạng Tạp chất Acclaro.

1. Tính năng Nhận dạng tạp chất Acclaro trên Máy quang phổ NanoDrop One hoạt động như thế nào?

Acclaro Contaminant ID sử dụng phương pháp chemometric để phân tích các thành phần hóa học có trong mẫu. Phương pháp này đã được sử dụng trước đây trong quang phổ hồng ngoại biến đổi Fourier (FTIR) và các hệ thống cận hồng ngoại (ví dụ: Máy quang phổ Thermo Scientific™ Nicolet). Các thuật toán Acclaro dựa trên thư viện tham chiếu các biểu đồ quang phổ của các chất khác nhau. Các thuật toán này sau đó được áp dụng biểu đồ quang phổ mẫu và phần mềm có thể đưa ra dự đoán về các tạp chất có trong mẫu bằng cách sử dụng các phân tích thống kê toán học.

2. Tính năng Acclaro Contaminant ID được triển khai trong ứng dụng nào của NanoDrop One?

Tính năng này được sử dụng trong các ứng dụng đo dsDNA, RNA và Protein A280.

3. Các tạp chất mà công nghệ Acclaro Contaminant ID có thể nhận dạng được?

Thư viện tham chiếu Acclaro hiện hỗ trợ nhận dạng các RNA, protein, phenol, và guanidine HCl trong mẫu dsDNA. Nhận dạng DNA, protein, phenol, và guanidine isothiocyanate trong mẫu RNA. Cuối cùng là tạp nhiễm DNA có trong mẫu protein. Trong tương lai, sẽ có thêm nhiều chất tạp nhiễm được bổ sung vào thư viện tham chiếu.

4. Thuật toán Acclaro Contaminant ID algorithms có thể áp dụng với tất cả các nồng độ mẫu không?

Không, với các ứng dụng đo dsDNA và RNA, thuật toán Acclaro Contaminant ID được áp dụng cho các mẫu ở các phạm vi hấp thụ khác nhau dựa trên tạp chất. Tham khảo bảng để biết thông tin chi tiết. Trong ứng dụng protein A280, thuật toán Acclaro Contaminant ID được áp dụng cho tất cả các mẫu bất kể nồng độ. Bảng bên phải tóm tắt các tạp chất phổ biến được phát hiện bởi thuật toán Acclaro.

5. Đọc kết quả từ thuật toán Acclaro Contaminant ID như thế nào?

Màn hình kết quả bên dưới cho thấy thuật toán Acclaro đã phát hiện tạp chất trong mẫu DNA, được biểu thị bằng tam giác màu vàng. Để biết tạp chất nào đã được phần mềm Acclaro nhận dạng và nhận giá trị nồng độ DNA đã được hiệu chỉnh, chỉ cần nhấn vào biểu tượng màu vàng để mở màn hình Phân Tích Tạp Chất hiển thị bên dưới.

Màn hình Phân Tích Tạp Chất cung cấp các thông tin quan trọng về mẫu. Nồng độ nguyên bản và tỷ số tinh sạch trên hàng đầu tiên. Đây là kết quả nồng độ ban đầu (Original) trước khi hiệu chỉnh. Hàng thứ hai, nhãn “Corrected”, hiển thị hai giá trị. Giá trị đầu tiên là nồng độ đã hiệu chỉnh của chất phân tích trong mẫu tính bằng ng/μL (trong ví dụ này là dsDNA, như được chỉ ra ở góc dưới bên trái màn hình). Đây là giá trị nồng độ do phần mềm dự đoán cho thành phần acid nucleic thuần khiết trong mẫu. Giá trị thứ hai là CV%, cho thấy độ tin cậy của tính toán. Cv% càng tháp thì độ tin cậy về kết quả hiệu chỉnh nồng độ chất phân tích càng cao. Hàng thứ ba là thông tin tạp chất có trong mẫu RNA, protein, phenol, guanidine HCl, hoặc guanidine isothiocyanate) và độ hấp thụ tại bước sóng 260 nm do tạp chất gây nên. Trong hàng này, CV% đại diện độ tin cậy trong dự đoán tạp chất.

6. Chúng ta ứng dụng kết quả từ thuật toán Acclaro Contaminant ID vào quy trình như thế nào?

Tính năng Nhận Dạng Tạp Chất của Acclaro cung cấp cho khách hàng hai thông tin quan trọng. Thứ nhất, tính năng này xác định các tạp chất cụ thể khả năng hiện diện trong mẫu. Việc xác định những tạp chất tiềm ẩn trong mẫu có thể giúp các nhà khoa học khắc phục các vấn đề khó khăn trong quá trình tách chiết hoặc tinh sạch, đồng thời đưa ra quyết định về việc có tiếp tục sử dụng mẫu này trong các thí nghiệm tiếp theo. Thứ hai, Nhận Diện Tạp Chất cung cấp nồng độ đã được hiệu chỉnh. Khi thiết lập các phản ứng tiếp theo, trong đó nồng độ DNA là thông số quan trọng (ví dụ, PCR), nồng độ đã điều chỉnh sẽ giúp các nhà khoa học đảm bảo sự thành công của các thí nghiệm tiếp theo.

7. Độ chính xác và độ nhạy của thuật toán Acclaro Contaminant ID ra sao, và những yếu tố nào ảnh hưởng đến độ chính xác của kết quả?

Nhiều nghiệm thức với nhiều loại hỗn hợp gồm chất phân tích và tạp chất đã được đo trên thiết bị NanoDrop One trong quá trình phát triển tính năng này. Kết quả acid nucleic đã hiệu chỉnh (nồng độ dự đoán bởi phần mềm) sai lệch không quá 10% so với nồng độ thực tế. Độ nhạy của tính năng Nhận Dạng Tạp Chất Acclaro phụ thuộc vào độ hấp thụ phân tử của tạp chất so với chất phân tích (acid nucleic hoặc protein). Phenol có độ hấp thụ phân tử rất mạnh, vì vậy chỉ cần một lượng nhỏ phenol cũng có thể làm thay đổi kết quả đo và điều chỉnh nồng độ của chất phân tích. Ngược lại, protein có độ hấp thụ phân tử yếu hơn nhiều so với dsDNA, do đó cần một lượng lớn protein mới có thể ảnh hưởng đến kết quả đo.